DNA methylome analysis of acute lymphoblastic leukemia cells reveals stochastic de novo DNA methylation in CpG islands

Wahlberg, PerUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab (författare)

Aim: To identify regions of aberrant DNA methylation in acute lymphoblastic leukemia (ALL) cells of different subtypes on a genome-wide scale. Materials & methods: Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) was used to determine the DNA methylation levels in cells from four pediatric ALL patients of different subtypes. The findings were confirmed by 450k DNA methylation arrays in a large patient set. Results: Compared with mature B or T cells WGBS detected on average 82,000 differentially methylated regions per patient. Differentially methylated regions are enriched to CpG poor regions, active enhancers and transcriptional start sites. We also identified approximately 8000 CpG islands with variable intermediate DNA methylation that seems to occur as a result of stochastic de novo methylation. Conclusion: WGBS provides an unbiased view and novel insights into the DNA methylome of ALL cells.

Lundmark, AndersUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)andlu294 (författare)
Nordlund, JessicaUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jesno775 (författare)
Busche, StephanMcGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada. (författare)
Raine, AmandaUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)amrai226 (författare)
Tandre, KarolinaUppsala universitet,Reumatologi(Swepub:uu)karotand (författare)
Rönnblom, LarsUppsala universitet,Reumatologi(Swepub:uu)larsronn (författare)
Sinnett, DanielSt Justine Univ Hlth Ctr, Res Ctr, Montreal, PQ, Canada.;Univ Montreal, Dept Pediat, Montreal, PQ, Canada. (författare)
Forestier, ErikUmeå universitet,Medicinsk och klinisk genetik,Umea Univ, Dept Med Biosci, Umea, Sweden.(Swepub:umu)erfo0007 (författare)
Pastinen, TomiMcGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada.;Genome Quebec Innovat Ctr, Montreal, PQ, Canada. (författare)
Lönnerholm, GudmarUppsala universitet,Pediatrik(Swepub:uu)gudmarlh (författare)
Syvänen, Ann-ChristineUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)anncsyva (författare)
Uppsala universitetMolekylär medicin (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Wahlberg, Per; Lundmark, Anders; Nordlund, Jessic ...; Busche, Stephan; Raine, Amanda; Tandre, Karolina; visa fler...; Rönnblom, Lars; Sinnett, Daniel; Forestier, Erik; Pastinen, Tomi; Lönnerholm, Gudm ...; Syvänen, Ann-Chr ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.