SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-157743"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-157743" > A fully adjusted tw...

  • Sofer, Tamar (författare)

A fully adjusted two-stage procedure for rank-normalization in genetic association studies

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-01-17
  • John Wiley & Sons,2019
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-157743
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-157743URI
  • https://doi.org/10.1002/gepi.22188DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • When testing genotype–phenotype associations using linear regression, departure of the trait distribution from normality can impact both Type I error rate control and statistical power, with worse consequences for rarer variants. Because genotypes are expected to have small effects (if any) investigators now routinely use a two‐stage method, in which they first regress the trait on covariates, obtain residuals, rank‐normalize them, and then use the rank‐normalized residuals in association analysis with the genotypes. Potential confounding signals are assumed to be removed at the first stage, so in practice, no further adjustment is done in the second stage. Here, we show that this widely used approach can lead to tests with undesirable statistical properties, due to both combination of a mis‐specified mean–variance relationship and remaining covariate associations between the rank‐normalized residuals and genotypes. We demonstrate these properties theoretically, and also in applications to genome‐wide and whole‐genome sequencing association studies. We further propose and evaluate an alternative fully adjusted two‐stage approach that adjusts for covariates both when residuals are obtained and in the subsequent association test. This method can reduce excess Type I errors and improve statistical power.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Zheng, Xiuwen (författare)
  • Gogarten, Stephanie M. (författare)
  • Laurie, Cecelia A. (författare)
  • Grinde, Kelsey (författare)
  • Shaffer, John R. (författare)
  • Shungin, DmitryUmeå universitet,Institutionen för odontologi,Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, Massachusetts(Swepub:umu)dmsh0003 (författare)
  • O'Connell, Jeffrey R. (författare)
  • Durazo-Arvizo, Ramon A. (författare)
  • Raffield, Laura (författare)
  • Lange, Leslie (författare)
  • Musani, Solomon (författare)
  • Vasan, Ramachandran S. (författare)
  • Cupples, L. Adrienne (författare)
  • Reiner, Alexander P. (författare)
  • Laurie, Cathy C. (författare)
  • Rice, Kenneth M. (författare)
  • Umeå universitetInstitutionen för odontologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Genetic Epidemiology: John Wiley & Sons43:3, s. 263-2750741-03951098-2272

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy