Combining epigenetic and clinicopathological variables improves specificity in prognostic prediction in clear cell renal cell carcinoma

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-176921" > Combining epigeneti...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Andersson-Evelönn, Emma,1983-Umeå universitet,Patologi (författare)

Combining epigenetic and clinicopathological variables improves specificity in prognostic prediction in clear cell renal cell carcinoma

Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2020-11-13
Springer Science and Business Media LLC,2020
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-176921
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-176921URI
https://doi.org/10.1186/s12967-020-02608-1DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Background: Metastasized clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is associated with a poor prognosis. Almost one-third of patients with non-metastatic tumors at diagnosis will later progress with metastatic disease. These patients need to be identified already at diagnosis, to undertake closer follow up and/or adjuvant treatment. Today, clinicopathological variables are used to risk classify patients, but molecular biomarkers are needed to improve risk classification to identify the high-risk patients which will benefit most from modern adjuvant therapies. Interestingly, DNA methylation profiling has emerged as a promising prognostic biomarker in ccRCC. This study aimed to derive a model for prediction of tumor progression after nephrectomy in non-metastatic ccRCC by combining DNA methylation profiling with clinicopathological variables.Methods: A novel cluster analysis approach (Directed Cluster Analysis) was used to identify molecular biomarkers from genome-wide methylation array data. These novel DNA methylation biomarkers, together with previously identified CpG-site biomarkers and clinicopathological variables, were used to derive predictive classifiers for tumor progression.Results: The “triple classifier” which included both novel and previously identified DNA methylation biomarkers together with clinicopathological variables predicted tumor progression more accurately than the currently used Mayo scoring system, by increasing the specificity from 50% in Mayo to 64% in our triple classifier at 85% fixed sensitivity. The cumulative incidence of progress (pCIP5yr) was 7.5% in low-risk vs 44.7% in high-risk in M0 patients classified by the triple classifier at diagnosis.Conclusions: The triple classifier panel that combines clinicopathological variables with genome-wide methylation data has the potential to improve specificity in prognosis prediction for patients with non-metastatic ccRCC.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Urologi och njurmedicin hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Urology and Nephrology hsv//eng
Clear cell renal cell carcinoma
Classification
DNA methylation
Prognosis
Directed cluster analysis

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Vidman, LindaUmeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik(Swepub:umu)livi0018 (författare)
Källberg, David,1982-Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik,Statistik(Swepub:umu)daka0018 (författare)
Landfors, Mattias,1977-Umeå universitet,Patologi(Swepub:umu)maslas98 (författare)
Liu, XijiaUmeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik(Swepub:umu)xili0017 (författare)
Ljungberg, Börje,Professor,1949-Umeå universitet,Urologi och andrologi(Swepub:umu)bolj0001 (författare)
Hultdin, MagnusUmeå universitet,Patologi(Swepub:umu)magn0001 (författare)
Rydén, PatrikUmeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik(Swepub:umu)pary0001 (författare)
Degerman, Sofie,1977-Umeå universitet,Patologi,Institutionen för klinisk mikrobiologi(Swepub:umu)soiden99 (författare)
Umeå universitetPatologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Translational Medicine: Springer Science and Business Media LLC18:11479-5876

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Translational Medicine (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Andersson-Evelön ...; Vidman, Linda; Källberg, David, ...; Landfors, Mattia ...; Liu, Xijia; Ljungberg, Börje ...; visa fler...; Hultdin, Magnus; Rydén, Patrik; Degerman, Sofie, ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Urologi och njur ...

Artiklar i publikationen: Journal of Trans ...

Av lärosätet: Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se