Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-30827" >
Bioinformatics stra...
Bioinformatics strategies for cDNA-microarray data processing
-
- Fahlén, Jessica, 1973- (författare)
- Umeå universitet,Statistiska institutionen
-
- Landfors, Mattias, 1977- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik
-
- Freyhult, Eva (författare)
- Umeå universitet,Klinisk bakteriologi,Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS)
-
visa fler...
-
Bylesjö, Max, 1978- (författare)
-
- Trygg, Johan (författare)
- Umeå universitet,Kemiska institutionen
-
- Hvidsten, Torgeir, 1975- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
-
- Rydén, Patrik, 1969- (författare)
- Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik,Patrik Rydén
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 1
- Wiley and Sons, 2009
- 2009
- Engelska.
-
Ingår i: Batch effects and noise in microarray experiments. - : Wiley and Sons. - 9780470741382 ; , s. 61-74
- Relaterad länk:
-
http://www.the-batch...
-
visa fler...
-
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Pre-processing plays a vital role in cDNA-microarray data analysis. Without proper pre-processing it is likely that the biological conclusions will be misleading. However, there are many alternatives and in order to choose a proper pre-processing procedure it is necessary to understand the effect of different methods. This chapter discusses several pre-processing steps, including image analysis, background correction, normalization, and filtering. Spike-in data are used to illustrate how different procedures affect the analytical ability to detect differentially expressed genes and estimate their regulation. The result shows that pre-processing has a major impact on both the experiment’s sensitivity andits bias. However, general recommendations are hard to give, since pre-processing consists of several actions that are highly dependent on each other. Furthermore, it is likely that pre-processing have a major impact on downstream analysis, such as clustering and classification, and pre-processing methods should be developed and evaluated with this in mind.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Matematik -- Beräkningsmatematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Computational Mathematics (hsv//eng)
Nyckelord
- Applied mathematics
- Tillämpad matematik
- Mathematical Statistics
- matematisk statistik
Publikations- och innehållstyp
- vet (ämneskategori)
- kap (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Fahlén, Jessica, ...
-
Landfors, Mattia ...
-
Freyhult, Eva
-
Bylesjö, Max, 19 ...
-
Trygg, Johan
-
Hvidsten, Torgei ...
-
visa fler...
-
Rydén, Patrik, 1 ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Matematik
-
och Beräkningsmatema ...
- Artiklar i publikationen
-
Batch effects an ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet