Design, construction and use of the FISH server

Tångrot, JeanetteUmeå universitet,Institutionen för datavetenskap,Umeå centrum för molekylär patogenes (UCMP) (Medicinska fakulteten) (författare)

Jeanette Hargbo.
At the core of the FISH (Family Identification with Structure anchored Hidden Markov models, saHMMs) server lies the midnight ASTRAL set. It is a collection of protein domains with low mutual sequence identity within homologous families, according to the structural classification of proteins, SCOP. Here, we evaluate two algorithms for creating the midnight ASTRAL set. The algorithm that limits the number of structural comparisons is about an order of magnitude faster than the all-against-all algorithm. We therefore choose the faster algorithm, although it produces slightly fewer domains in the set. We use the midnight ASTRAL set to construct the structure-anchored Hidden Markov Model data base, saHMM-db, where each saHMM represents one family. Sequence searches using saHMMs provide information about protein function, domain organization, the probable 2D and 3D structure, and can lead to the discovery of homologous domains in remotely related sequences.

NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Datavetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Computer Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
Bioinformatik
structure-anchored Hidden Markov Model
saHMM
protein structure alignment
protein structure superimposition
remote homologue
FISH-server
protein annotation
Computer science
Datavetenskap
Bioinformatics
Bioinformatik

Wang, LixiaoUmeå universitet,Umeå centrum för molekylär patogenes (UCMP) (Medicinska fakulteten)(Swepub:umu)liwa0014 (författare)
Kågström, BoUmeå universitet,Institutionen för datavetenskap,Högpresterande beräkningscentrum norr (HPC2N)(Swepub:umu)boka0002 (författare)
Sauer, Uwe H.Umeå universitet,Umeå centrum för molekylär patogenes (UCMP)(Swepub:umu)uwsa0001 (författare)
Umeå universitetInstitutionen för datavetenskap (creator_code:org_t)

Ingår i:Applied parallel computingBerlin, Heidelberg : Springer Link, s. 647-6579783540757542

Av författaren/redakt...: Tångrot, Jeanett ...; Wang, Lixiao; Kågström, Bo; Sauer, Uwe H.

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.