Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-80868" >
Performance in omic...
Performance in omics analyses of blood samples in long-term storage : opportunities for the exploitation of existing biobanks in environmental health research
-
Hebels, Dennie G. A. J. (författare)
-
Georgiadis, Panagiotis (författare)
-
Keun, Hector C. (författare)
-
visa fler...
-
Athersuch, Toby J. (författare)
-
Vineis, Paolo (författare)
-
Vermeulen, Roel (författare)
-
Portengen, Lützen (författare)
-
- Bergdahl, Ingvar A. (författare)
- Umeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Yrkes- och miljömedicin,Arcum
-
- Hallmans, Göran (författare)
- Umeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Näringsforskning
-
Palli, Domenico (författare)
-
Bendinelli, Benedetta (författare)
-
Krogh, Vittorio (författare)
-
Tumino, Rosario (författare)
-
Sacerdote, Carlotta (författare)
-
Panico, Salvatore (författare)
-
Kleinjans, Jos C. S. (författare)
-
de Kok, Theo M. C. M. (författare)
-
Smith, Martyn T. (författare)
-
Kyrtopoulos, Soterios A. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Environmental Health Perspectives, 2013
- 2013
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Environmental Health Perspectives. - : Environmental Health Perspectives. - 0091-6765 .- 1552-9924. ; 121:4, s. 480-487
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: The suitability for omic analysis of biosamples collected in previous decades and currently stored in biobanks is unknown.Objectives: We evaluated the influence of handling and storage conditions of blood-derived biosamples on transcriptomic, epigenomic (CpG methylation), plasma metabolomic [UPLC-ToFMS (ultra performance liquid chromatography-time-of-flight mass spectrometry)], and wide-target proteomic profiles.Methods: We collected fresh blood samples without RNA preservative in heparin, EDTA, or citrate and held them at room temperature for ≤ 24 hr before fractionating them into buffy coat, erythrocytes, and plasma and freezing the fractions at -80oC or in liquid nitrogen. We developed methodology for isolating RNA from the buffy coats and conducted omic analyses. Finally, we analyzed analogous samples from the EPIC-Italy and Northern Sweden Health and Disease Study biobanks.Results: Microarray-quality RNA could be isolated from buffy coats (including most biobank samples) that had been frozen within 8 hr of blood collection by thawing the samples in RNA preservative. Different anticoagulants influenced the metabolomic, proteomic, and to a lesser extent transcriptomic profiles. Transcriptomic profiles were most affected by the delay (as little as 2 hr) before blood fractionation, whereas storage temperature had minimal impact. Effects on metabolomic and proteomic profiles were noted in samples processed ≥ 8 hr after collection, but no effects were due to storage temperature. None of the variables examined significantly influenced the epigenomic profiles. No systematic influence of time-in-storage was observed in samples stored over a period of 13-17 years.Conclusions: Most samples currently stored in biobanks are amenable to meaningful omics analysis, provided that they satisfy collection and storage criteria defined in this study.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Hälsovetenskap -- Arbetsmedicin och miljömedicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Health Sciences -- Occupational Health and Environmental Health (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Hälsovetenskap -- Folkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Health Sciences -- Public Health, Global Health, Social Medicine and Epidemiology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmakologi och toxikologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Pharmacology and Toxicology (hsv//eng)
Nyckelord
- biomarkers
- epigenomics
- metabolomics
- metabonomics
- molecular epidemiology
- proteomics
- transcriptomics
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Hebels, Dennie G ...
-
Georgiadis, Pana ...
-
Keun, Hector C.
-
Athersuch, Toby ...
-
Vineis, Paolo
-
Vermeulen, Roel
-
visa fler...
-
Portengen, Lütze ...
-
Bergdahl, Ingvar ...
-
Hallmans, Göran
-
Palli, Domenico
-
Bendinelli, Bene ...
-
Krogh, Vittorio
-
Tumino, Rosario
-
Sacerdote, Carlo ...
-
Panico, Salvator ...
-
Kleinjans, Jos C ...
-
de Kok, Theo M. ...
-
Smith, Martyn T.
-
Kyrtopoulos, Sot ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Hälsovetenskap
-
och Arbetsmedicin oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Hälsovetenskap
-
och Folkhälsovetensk ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Farmakologi och ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Envir ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet