Performance in omics analyses of blood samples in long-term storage: opportunities for the exploitation of existing biobanks in environmental health research

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-80868" > Performance in omic...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hebels, Dennie G. A. J. (författare)

Performance in omics analyses of blood samples in long-term storage : opportunities for the exploitation of existing biobanks in environmental health research

Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Environmental Health Perspectives,2013
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-80868
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-80868URI
https://doi.org/10.1289/ehp.1205657DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Background: The suitability for omic analysis of biosamples collected in previous decades and currently stored in biobanks is unknown.Objectives: We evaluated the influence of handling and storage conditions of blood-derived biosamples on transcriptomic, epigenomic (CpG methylation), plasma metabolomic [UPLC-ToFMS (ultra performance liquid chromatography-time-of-flight mass spectrometry)], and wide-target proteomic profiles.Methods: We collected fresh blood samples without RNA preservative in heparin, EDTA, or citrate and held them at room temperature for ≤ 24 hr before fractionating them into buffy coat, erythrocytes, and plasma and freezing the fractions at -80oC or in liquid nitrogen. We developed methodology for isolating RNA from the buffy coats and conducted omic analyses. Finally, we analyzed analogous samples from the EPIC-Italy and Northern Sweden Health and Disease Study biobanks.Results: Microarray-quality RNA could be isolated from buffy coats (including most biobank samples) that had been frozen within 8 hr of blood collection by thawing the samples in RNA preservative. Different anticoagulants influenced the metabolomic, proteomic, and to a lesser extent transcriptomic profiles. Transcriptomic profiles were most affected by the delay (as little as 2 hr) before blood fractionation, whereas storage temperature had minimal impact. Effects on metabolomic and proteomic profiles were noted in samples processed ≥ 8 hr after collection, but no effects were due to storage temperature. None of the variables examined significantly influenced the epigenomic profiles. No systematic influence of time-in-storage was observed in samples stored over a period of 13-17 years.Conclusions: Most samples currently stored in biobanks are amenable to meaningful omics analysis, provided that they satisfy collection and storage criteria defined in this study.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Hälsovetenskap Arbetsmedicin och miljömedicin hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Health Sciences Occupational Health and Environmental Health hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Hälsovetenskap Folkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Health Sciences Public Health, Global Health, Social Medicine and Epidemiology hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Farmakologi och toxikologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Pharmacology and Toxicology hsv//eng
biomarkers
epigenomics
metabolomics
metabonomics
molecular epidemiology
proteomics
transcriptomics

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Georgiadis, Panagiotis (författare)
Keun, Hector C. (författare)
Athersuch, Toby J. (författare)
Vineis, Paolo (författare)
Vermeulen, Roel (författare)
Portengen, Lützen (författare)
Bergdahl, Ingvar A.Umeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Yrkes- och miljömedicin,Arcum(Swepub:umu)inbe0001 (författare)
Hallmans, GöranUmeå universitet,Enheten för biobanksforskning,Näringsforskning(Swepub:umu)goha0001 (författare)
Palli, Domenico (författare)
Bendinelli, Benedetta (författare)
Krogh, Vittorio (författare)
Tumino, Rosario (författare)
Sacerdote, Carlotta (författare)
Panico, Salvatore (författare)
Kleinjans, Jos C. S. (författare)
de Kok, Theo M. C. M. (författare)
Smith, Martyn T. (författare)
Kyrtopoulos, Soterios A. (författare)
Umeå universitetEnheten för biobanksforskning (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Journal of Environmental Health Perspectives: Environmental Health Perspectives121:4, s. 480-4870091-67651552-9924

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Journal of Environmental Health Perspectives (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Hälsovetenskap; och Arbetsmedicin oc ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Hälsovetenskap; och Folkhälsovetensk ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Farmakologi och ...

Artiklar i publikationen: Journal of Envir ...

Av lärosätet: Umeå universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se