OnPLS integration of transcriptomic, proteomic and metabolomic data shows multi-level oxidative stress responses in the cambium of transgenic hipI- superoxide dismutase Populus plants

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-85515" > OnPLS integration o...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

OnPLS integration of transcriptomic, proteomic and metabolomic data shows multi-level oxidative stress responses in the cambium of transgenic hipI- superoxide dismutase Populus plants

Srivastava, Vaibhav (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,KTH,Glykovetenskap,Umeå Plant Science Centre, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden;Division of Glycoscience, School of Biotechnology, Royal Institute of Technology, AlbaNova University Centre, Stockholm, Sweden,Umeå University, KTH,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,AlbaNova University Center

Obudulu, Ogonna (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Umeå universitet,Kemiska institutionen,Umeå Plant Science Centre, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden;Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Umeå University

Bygdell, Joakim (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology

visa fler...

Löfstedt, Tommy (författare): Umeå universitet,Kemiska institutionen,Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden;Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden

Rydén, Patrik (författare): Umeå universitet,Institutionen för matematik och matematisk statistik,Kemiska institutionen,Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden;Department of Mathematics and Mathematical Statistics, Umeå University, Umeå, Sweden

Nilsson, Robert (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Luleå tekniska universitet,Umeå Plant Science Centre, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology,Luleå University of Technology

Ahnlund, Maria (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology

Johansson, Annika (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology

Jonsson, Pär (författare): Umeå universitet,Kemiska institutionen,Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden;Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden

Freyhult, Eva (författare): Umeå universitet,Kemiska institutionen,Klinisk bakteriologi,Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden;Department of Clinical Microbiology, Clinical Bacteriology, Umeå University, Umeå, Sweden

Qvarnström, Johanna (författare): Umeå Plant Science Centre, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden

Karlsson, Jan (författare): Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Umeå Plant Science Centre, Department of Plant Physiology, Umeå University, Umeå, Sweden

Melzer, Michael (författare): Department of Molecular Cell Biology, Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben, Germany

Moritz, Thomas (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology

Trygg, Johan (författare): Umeå universitet,Kemiska institutionen,Computational life science cluster (CLiC), Umeå University,Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden

Hvidsten, Torgeir R (författare): Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Kemiska institutionen,Umeå Plant Science Centre, Department of Plant Physiology, Umeå University, Umeå, Sweden;Computational life science cluster (CLiC), Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sweden;Department of Chemistry, Biotechnology and Food Science, Norwegian, University of Life Sciences, Norway

Wingsle, Gunnar (författare): Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology

visa färre...

(creator_code:org_t)

2013-12-17
2013
Engelska.
Ingår i: BMC Genomics. - : BioMed Central. - 1471-2164. ; 14

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://umu.diva-por... (primary) (Raw object); https://bmcgenomics....; https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; https://urn.kb.se/re...; https://urn.kb.se/re...; https://urn.kb.se/re...; https://res.slu.se/i...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

BACKGROUND: Reactive oxygen species (ROS) are involved in the regulation of diverse physiological processes in plants, including various biotic and abiotic stress responses. Thus, oxidative stress tolerance mechanisms in plants are complex, and diverse responses at multiple levels need to be characterized in order to understand them. Here we present system responses to oxidative stress in Populus by integrating data from analyses of the cambial region of wild-type controls and plants expressing high-isoelectric-point superoxide dismutase (hipI-SOD) transcripts in antisense orientation showing a higher production of superoxide. The cambium, a thin cell layer, generates cells that differentiate to form either phloem or xylem and is hypothesized to be a major reason for phenotypic perturbations in the transgenic plants. Data from multiple platforms including transcriptomics (microarray analysis), proteomics (UPLC/QTOF-MS), and metabolomics (GC-TOF/MS, UPLC/MS, and UHPLC-LTQ/MS) were integrated using the most recent development of orthogonal projections to latent structures called OnPLS. OnPLS is a symmetrical multi-block method that does not depend on the order of analysis when more than two blocks are analysed. Significantly affected genes, proteins and metabolites were then visualized in painted pathway diagrams.RESULTS: The main categories that appear to be significantly influenced in the transgenic plants were pathways related to redox regulation, carbon metabolism and protein degradation, e.g. the glycolysis and pentose phosphate pathways (PPP). The results provide system-level information on ROS metabolism and responses to oxidative stress, and indicate that some initial responses to oxidative stress may share common pathways.CONCLUSION: The proposed data evaluation strategy shows an efficient way of compiling complex, multi-platform datasets to obtain significant biological information.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Industriell bioteknik -- Bioprocessteknik (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Industrial Biotechnology -- Bioprocess Technology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Utvecklingsbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Developmental Biology (hsv//eng)

Nyckelord

Statistical integration
OnPLS
Poplar
Oxidative stress
Systems biology

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

BMC Genomics (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Srivastava, Vaib ...; Obudulu, Ogonna; Bygdell, Joakim; Löfstedt, Tommy; Rydén, Patrik; Nilsson, Robert; visa fler...; Ahnlund, Maria; Johansson, Annik ...; Jonsson, Pär; Freyhult, Eva; Qvarnström, Joha ...; Karlsson, Jan; Melzer, Michael; Moritz, Thomas; Trygg, Johan; Hvidsten, Torgei ...; Wingsle, Gunnar; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Medicinsk biotek ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Genetik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Industriell biot ...; och Bioprocessteknik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Utvecklingsbiolo ...

Artiklar i publikationen: BMC Genomics

Av lärosätet: Umeå universitet; Kungliga Tekniska Högskolan; Luleå tekniska universitet; Uppsala universitet; Sveriges Lantbruksuniversitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se