Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-88384" >
Fine Mapping Serone...
Fine Mapping Seronegative and Seropositive Rheumatoid Arthritis to Shared and Distinct HLA Alleles by Adjusting for the Effects of Heterogeneity
- Artikel/kapitelEngelska2014
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
Elsevier BV,2014
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-88384
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-88384URI
-
https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2014.02.013DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:128587243URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Despite progress in defining human leukocyte antigen (HLA) alleles for anti-citrullinated-protein-autoantibody-positive (ACPA(+)) rheumatoid arthritis (RA), identifying HLA alleles for ACPA-negative (ACPA(-)) RA has been challenging because of clinical heterogeneity within clinical cohorts. We imputed 8,961 classical HLA alleles, amino acids, and SNPs from Immunochip data in a discovery set of 2,406 ACPA(-) RA case and 13,930 control individuals. We developed a statistical approach to identify and adjust for clinical heterogeneity within ACPA RA and observed independent associations for serine and leucine at position 11 in HLA-DR beta 1 (p = 1.4 x 10 (13), odds ratio [OR] = 1.30) and for aspartate at position 9 in HLA-B (p = 2.7 x 10(-12), OR = 1.39) within the peptide binding grooves. These amino acid positions induced associations at HLA-DRB1*03 (encoding serine at 11) and HLA-B*08 (encoding aspartate at 9). We validated these findings in an independent set of 427 ACPA(-) case subjects, carefully phenotyped with a highly sensitive ACPA assay, and 1,691 control subjects (HLA-DR beta 1 Ser11+Leu11: p = 5.8 x 10(-4), OR = 1.28; HLA-B Asp9: p = 2.6 x 10(-3), OR = 1.34). Although both amino acid sites drove risk of ACPA(+) and ACPA(-) disease, the effects of individual residues at HLA-DR beta 1 position 11 were distinct (p < 2.9 x 10(-107)). We also identified an association with ACPA(+) RA at HLA-A position 77 (p = 2.7 x 10(-8), OR = 0.85) in 7,279 ACPA(+) RA case and 15,870 control subjects. These results contribute to mounting evidence that ACPA(+) and ACPA(-) RA are genetically distinct and potentially have separate autoantigens contributing to pathogenesis. We expect that our approach might have broad applications in analyzing clinical conditions with heterogeneity at both major histocompatibility complex (MHC) and non-MHC regions.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Diogo, Dorothee
(författare)
-
Eyre, Steve
(författare)
-
Kallberg, Henrik
(författare)
-
Zhernakova, Alexandra
(författare)
-
Bowes, John
(författare)
-
Padyukov, LeonidKarolinska Institutet
(författare)
-
Okada, Yukinori
(författare)
-
Gonzalez-Gay, Miguel A.
(författare)
-
Rantapää-Dahlqvist, SolbrittUmeå universitet,Reumatologi(Swepub:umu)sora0001
(författare)
-
Martin, Javier
(författare)
-
Huizinga, Tom W. J.
(författare)
-
Plenge, Robert M.
(författare)
-
Worthington, Jane
(författare)
-
Gregersen, Peter K.
(författare)
-
Klareskog, LarsKarolinska Institutet
(författare)
-
de Bakker, Paul I. W.
(författare)
-
Raychaudhuri, Soumya
(författare)
-
Karolinska InstitutetReumatologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:American Journal of Human Genetics: Elsevier BV94:4, s. 522-5320002-92971537-6605
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Han, Buhm
-
Diogo, Dorothee
-
Eyre, Steve
-
Kallberg, Henrik
-
Zhernakova, Alex ...
-
Bowes, John
-
visa fler...
-
Padyukov, Leonid
-
Okada, Yukinori
-
Gonzalez-Gay, Mi ...
-
Rantapää-Dahlqvi ...
-
Martin, Javier
-
Huizinga, Tom W. ...
-
Plenge, Robert M ...
-
Worthington, Jan ...
-
Gregersen, Peter ...
-
Klareskog, Lars
-
de Bakker, Paul ...
-
Raychaudhuri, So ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
American Journal ...
- Av lärosätet
-
Umeå universitet
-
Karolinska Institutet