Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-13167" >
28-Way vertebrate a...
-
Miller, Webb
(författare)
28-Way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser
- Artikel/kapitelEngelska2007
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2007-11-05
-
Cold Spring Harbor Laboratory,2007
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-13167
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-13167URI
-
https://doi.org/10.1101/gr.6761107DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
This article describes a set of alignments of 28 vertebrate genome sequences that is provided by the UCSC Genome Browser. The alignments can be viewed on the Human Genome Browser (March 2006 assembly) at http://genome.ucsc.edu, downloaded in bulk by anonymous FTP from http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/multiz28way, or analyzed with the Galaxy server at http://g2.bx.psu.edu. This article illustrates the power of this resource for exploring vertebrate and mammalian evolution, using three examples. First, we present several vignettes involving insertions and deletions within protein-coding regions, including a look at some human-specific indels. Then we study the extent to which start codons and stop codons in the human sequence are conserved in other species, showing that start codons are in general more poorly conserved than stop codons. Finally, an investigation of the phylogenetic depth of conservation for several classes of functional elements in the human genome reveals striking differences in the rates and modes of decay in alignability. Each functional class has a distinctive period of stringent constraint, followed by decays that allow (for the case of regulatory regions) or reject (for coding regions and ultraconserved elements) insertions and deletions.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Rosenbloom, Kate
(författare)
-
Hardison, Ross C
(författare)
-
Hou, Minmei
(författare)
-
Taylor, James
(författare)
-
Raney, Brian
(författare)
-
Burhans, Richard
(författare)
-
King, David C
(författare)
-
Baertsch, Robert
(författare)
-
Blankenberg, Daniel
(författare)
-
Kosakovsky Pond, Sergei L
(författare)
-
Nekrutenko, Anton
(författare)
-
Giardine, Belinda
(författare)
-
Harris, Robert S
(författare)
-
Tyekucheva, Svitlana
(författare)
-
Diekhans, Mark
(författare)
-
Pringle, Thomas H
(författare)
-
Murphy, William J
(författare)
-
Lesk, Arthur
(författare)
-
Weinstock, George M
(författare)
-
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)kerli865
(författare)
-
Gibbs, Richard A
(författare)
-
Lander, Eric S
(författare)
-
Siepel, Adam
(författare)
-
Haussler, David
(författare)
-
Kent, W James
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory17:12, s. 1797-18081088-90511549-5469
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Miller, Webb
-
Rosenbloom, Kate
-
Hardison, Ross C
-
Hou, Minmei
-
Taylor, James
-
Raney, Brian
-
visa fler...
-
Burhans, Richard
-
King, David C
-
Baertsch, Robert
-
Blankenberg, Dan ...
-
Kosakovsky Pond, ...
-
Nekrutenko, Anto ...
-
Giardine, Belind ...
-
Harris, Robert S
-
Tyekucheva, Svit ...
-
Diekhans, Mark
-
Pringle, Thomas ...
-
Murphy, William ...
-
Lesk, Arthur
-
Weinstock, Georg ...
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Gibbs, Richard A
-
Lander, Eric S
-
Siepel, Adam
-
Haussler, David
-
Kent, W James
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet