Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-207030" >
De novo transcript ...
-
Haas, Brian J.
(författare)
De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis
- Artikel/kapitelEngelska2013
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2013-07-11
-
Springer Science and Business Media LLC,2013
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-207030
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-207030URI
-
https://doi.org/10.1038/nprot.2013.084DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
De novo assembly of RNA-seq data enables researchers to study transcriptomes without the need for a genome sequence; this approach can be usefully applied, for instance, in research on 'non-model organisms' of ecological and evolutionary importance, cancer samples or the microbiome. In this protocol we describe the use of the Trinity platform for de novo transcriptome assembly from RNA-seq data in non-model organisms. We also present Trinity-supported companion utilities for downstream applications, including RSEM for transcript abundance estimation, R/Bioconductor packages for identifying differentially expressed transcripts across samples and approaches to identify protein-coding genes. In the procedure, we provide a workflow for genome-independent transcriptome analysis leveraging the Trinity platform. The software, documentation and demonstrations are freely available from http://trinityrnaseq.sourceforge.net. The run time of this protocol is highly dependent on the size and complexity of data to be analyzed. The example data set analyzed in the procedure detailed herein can be processed in less than 5 h.
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Papanicolaou, Alexie
(författare)
-
Yassour, Moran
(författare)
-
Grabherr, ManfredUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)mangr224
(författare)
-
Blood, Philip D.
(författare)
-
Bowden, Joshua
(författare)
-
Couger, Matthew Brian
(författare)
-
Eccles, David
(författare)
-
Li, Bo
(författare)
-
Lieber, Matthias
(författare)
-
MacManes, Matthew D.
(författare)
-
Ott, Michael
(författare)
-
Orvis, Joshua
(författare)
-
Pochet, Nathalie
(författare)
-
Strozzi, Francesco
(författare)
-
Weeks, Nathan
(författare)
-
Westerman, Rick
(författare)
-
William, Thomas
(författare)
-
Dewey, Colin N.
(författare)
-
Henschel, Robert
(författare)
-
Leduc, Richard D.
(författare)
-
Friedman, Nir
(författare)
-
Regev, Aviv
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Protocols: Springer Science and Business Media LLC8:8, s. 1494-15121754-21891750-2799
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Haas, Brian J.
-
Papanicolaou, Al ...
-
Yassour, Moran
-
Grabherr, Manfre ...
-
Blood, Philip D.
-
Bowden, Joshua
-
visa fler...
-
Couger, Matthew ...
-
Eccles, David
-
Li, Bo
-
Lieber, Matthias
-
MacManes, Matthe ...
-
Ott, Michael
-
Orvis, Joshua
-
Pochet, Nathalie
-
Strozzi, Frances ...
-
Weeks, Nathan
-
Westerman, Rick
-
William, Thomas
-
Dewey, Colin N.
-
Henschel, Robert
-
Leduc, Richard D ...
-
Friedman, Nir
-
Regev, Aviv
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Protocols
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet