Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-213817" >
Rule-Based Models o...
-
Bornelöv, SusanneUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
(författare)
Rule-Based Models of the Interplay between Genetic and Environmental Factors in Childhood Allergy
- Artikel/kapitelEngelska2013
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2013-11-19
-
Public Library of Science (PLoS),2013
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-213817
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-213817URI
-
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080080DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:127812250URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Both genetic and environmental factors are important for the development of allergic diseases. However, a detailed understanding of how such factors act together is lacking. To elucidate the interplay between genetic and environmental factors in allergic diseases, we used a novel bioinformatics approach that combines feature selection and machine learning. In two materials, PARSIFAL (a European cross-sectional study of 3113 children) and BAMSE (a Swedish birth-cohort including 2033 children), genetic variants as well as environmental and lifestyle factors were evaluated for their contribution to allergic phenotypes. Monte Carlo feature selection and rule based models were used to identify and rank rules describing how combinations of genetic and environmental factors affect the risk of allergic diseases. Novel interactions between genes were suggested and replicated, such as between ORMDL3 and RORA, where certain genotype combinations gave odds ratios for current asthma of 2.1 (95% CI 1.2-3.6) and 3.2 (95% CI 2.0-5.0) in the BAMSE and PARSIFAL children, respectively. Several combinations of environmental factors appeared to be important for the development of allergic disease in children. For example, use of baby formula and antibiotics early in life was associated with an odds ratio of 7.4 (95% CI 4.5-12.0) of developing asthma. Furthermore, genetic variants together with environmental factors seemed to play a role for allergic diseases, such as the use of antibiotics early in life and COL29A1 variants for asthma, and farm living and NPSR1 variants for allergic eczema. Overall, combinations of environmental and life style factors appeared more frequently in the models than combinations solely involving genes. In conclusion, a new bioinformatics approach is described for analyzing complex data, including extensive genetic and environmental information. Interactions identified with this approach could provide useful hints for further in-depth studies of etiological mechanisms and may also strengthen the basis for risk assessment and prevention.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Saaf, Annika
(författare)
-
Melen, ErikKarolinska Institutet
(författare)
-
Bergstrom, AnnaKarolinska Institutet
(författare)
-
Moghadam, Behrooz TorabiUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)behto381
(författare)
-
Pulkkinen, Ville
(författare)
-
Acevedo, NathalieKarolinska Institutet
(författare)
-
Pietras, Christina Orsmark
(författare)
-
Ege, Markus
(författare)
-
Braun-Fahrlaender, Charlotte
(författare)
-
Riedler, Josef
(författare)
-
Doekes, Gert
(författare)
-
Kabesch, Michael
(författare)
-
van Hage, MarianneKarolinska Institutet
(författare)
-
Kere, JuhaKarolinska Institutet
(författare)
-
Scheynius, AnnikaKarolinska Institutet
(författare)
-
Soderhall, CillaKarolinska Institutet
(författare)
-
Pershagen, GoranKarolinska Institutet
(författare)
-
Komorowski, JanUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jakom133
(författare)
-
Uppsala universitetBeräknings- och systembiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:PLOS ONE: Public Library of Science (PLoS)8:11, s. e80080-1932-6203
Internetlänk
Hitta via bibliotek
-
PLOS ONE
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Bornelöv, Susann ...
-
Saaf, Annika
-
Melen, Erik
-
Bergstrom, Anna
-
Moghadam, Behroo ...
-
Pulkkinen, Ville
-
visa fler...
-
Acevedo, Nathali ...
-
Pietras, Christi ...
-
Ege, Markus
-
Braun-Fahrlaende ...
-
Riedler, Josef
-
Doekes, Gert
-
Kabesch, Michael
-
van Hage, Marian ...
-
Kere, Juha
-
Scheynius, Annik ...
-
Soderhall, Cilla
-
Pershagen, Goran
-
Komorowski, Jan
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Lungmedicin och ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Hälsovetenskap
-
och Arbetsmedicin oc ...
- Artiklar i publikationen
-
PLOS ONE
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet