Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-260805" >
Improved canine exo...
Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes
-
Broeckx, Bart J. G. (författare)
-
Hitte, Christophe (författare)
-
Coopman, Frank (författare)
-
visa fler...
-
Verhoeven, Geert E. C. (författare)
-
De Keulenaer, Sarah (författare)
-
De Meester, Ellen (författare)
-
Derrien, Thomas (författare)
-
Alfoldi, Jessica (författare)
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
Bosmans, Tim (författare)
-
Gielen, Ingrid (författare)
-
Van Bree, Henri (författare)
-
Van Ryssen, Bernadette (författare)
-
Saunders, Jimmy H. (författare)
-
Van Nieuwerburgh, Filip (författare)
-
Deforce, Dieter (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-08-03
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 5
- Relaterad länk:
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://www.nature.c...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- By limiting sequencing to those sequences transcribed as mRNA, whole exome sequencing is a cost-efficient technique often used in disease-association studies. We developed two target enrichment designs based on the recently released annotation of the canine genome: the exome-plus design and the exome-CDS design. The exome-plus design combines the exons of the CanFam 3.1 Ensembl annotation, more recently discovered protein-coding exons and a variety of non-coding RNA regions (microRNAs, long non-coding RNAs and antisense transcripts), leading to a total size of approximate to 152 Mb. The exome-CDS was designed as a subset of the exome-plus by omitting all 3' and 5' untranslated regions. This reduced the size of the exome-CDS to approximate to 71 Mb. To test the capturing performance, four exome-plus captures were sequenced on a NextSeq 500 with each capture containing four pre-capture pooled, barcoded samples. At an average sequencing depth of 68.3x, 80% of the regions and well over 90% of the targeted base pairs were completely covered at least 5 times with high reproducibility. Based on the performance of the exome-plus, we estimated the performance of the exome-CDS. Overall, these designs provide flexible solutions for a variety of research questions and are likely to be reliable tools in disease studies.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Broeckx, Bart J. ...
-
Hitte, Christoph ...
-
Coopman, Frank
-
Verhoeven, Geert ...
-
De Keulenaer, Sa ...
-
De Meester, Elle ...
-
visa fler...
-
Derrien, Thomas
-
Alfoldi, Jessica
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Bosmans, Tim
-
Gielen, Ingrid
-
Van Bree, Henri
-
Van Ryssen, Bern ...
-
Saunders, Jimmy ...
-
Van Nieuwerburgh ...
-
Deforce, Dieter
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet