Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-260805" >
Improved canine exo...
-
Broeckx, Bart J. G.
(författare)
Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes
- Artikel/kapitelEngelska2015
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2015-08-03
-
Springer Science and Business Media LLC,2015
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-260805
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-260805URI
-
https://doi.org/10.1038/srep12810DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
By limiting sequencing to those sequences transcribed as mRNA, whole exome sequencing is a cost-efficient technique often used in disease-association studies. We developed two target enrichment designs based on the recently released annotation of the canine genome: the exome-plus design and the exome-CDS design. The exome-plus design combines the exons of the CanFam 3.1 Ensembl annotation, more recently discovered protein-coding exons and a variety of non-coding RNA regions (microRNAs, long non-coding RNAs and antisense transcripts), leading to a total size of approximate to 152 Mb. The exome-CDS was designed as a subset of the exome-plus by omitting all 3' and 5' untranslated regions. This reduced the size of the exome-CDS to approximate to 71 Mb. To test the capturing performance, four exome-plus captures were sequenced on a NextSeq 500 with each capture containing four pre-capture pooled, barcoded samples. At an average sequencing depth of 68.3x, 80% of the regions and well over 90% of the targeted base pairs were completely covered at least 5 times with high reproducibility. Based on the performance of the exome-plus, we estimated the performance of the exome-CDS. Overall, these designs provide flexible solutions for a variety of research questions and are likely to be reliable tools in disease studies.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Hitte, Christophe
(författare)
-
Coopman, Frank
(författare)
-
Verhoeven, Geert E. C.
(författare)
-
De Keulenaer, Sarah
(författare)
-
De Meester, Ellen
(författare)
-
Derrien, Thomas
(författare)
-
Alfoldi, Jessica
(författare)
-
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)kerli865
(författare)
-
Bosmans, Tim
(författare)
-
Gielen, Ingrid
(författare)
-
Van Bree, Henri
(författare)
-
Van Ryssen, Bernadette
(författare)
-
Saunders, Jimmy H.
(författare)
-
Van Nieuwerburgh, Filip
(författare)
-
Deforce, Dieter
(författare)
-
Uppsala universitetScience for Life Laboratory, SciLifeLab
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Scientific Reports: Springer Science and Business Media LLC52045-2322
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Broeckx, Bart J. ...
-
Hitte, Christoph ...
-
Coopman, Frank
-
Verhoeven, Geert ...
-
De Keulenaer, Sa ...
-
De Meester, Elle ...
-
visa fler...
-
Derrien, Thomas
-
Alfoldi, Jessica
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Bosmans, Tim
-
Gielen, Ingrid
-
Van Bree, Henri
-
Van Ryssen, Bern ...
-
Saunders, Jimmy ...
-
Van Nieuwerburgh ...
-
Deforce, Dieter
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet