Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-275669" >
SW-ARRAY :
-
Price, Thomas S
(författare)
SW-ARRAY : a dynamic programming solution for the identification of copy-number changes in genomic DNA using array comparative genome hybridization data.
- Artikel/kapitelEngelska2005
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
Oxford University Press (OUP),2005
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-275669
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-275669URI
-
https://doi.org/10.1093/nar/gki643DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Comparative genome hybridization (CGH) to DNA microarrays (array CGH) is a technique capable of detecting deletions and duplications in genomes at high resolution. However, array CGH studies of the human genome noting false negative and false positive results using large insert clones as probes have raised important concerns regarding the suitability of this approach for clinical diagnostic applications. Here, we adapt the Smith-Waterman dynamic-programming algorithm to provide a sensitive and robust analytic approach (SW-ARRAY) for detecting copy-number changes in array CGH data. In a blind series of hybridizations to arrays consisting of the entire tiling path for the terminal 2 Mb of human chromosome 16p, the method identified all monosomies between 267 and 1567 kb with a high degree of statistical significance and accurately located the boundaries of deletions in the range 267-1052 kb. The approach is unique in offering both a nonparametric segmentation procedure and a nonparametric test of significance. It is scalable and well-suited to high resolution whole genome array CGH studies that use array probes derived from large insert clones as well as PCR products and oligonucleotides.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Regan, Regina
(författare)
-
Mott, Richard
(författare)
-
Hedman, Åsa
(författare)
-
Honey, Ben
(författare)
-
Daniels, Rachael J
(författare)
-
Smith, Lee
(författare)
-
Greenfield, Andy
(författare)
-
Tiganescu, Ana
(författare)
-
Buckle, Veronica
(författare)
-
Ventress, Nicki
(författare)
-
Ayyub, Helena
(författare)
-
Salhan, Anita
(författare)
-
Pedraza-Diaz, Susana
(författare)
-
Broxholme, John
(författare)
-
Ragoussis, Jiannis
(författare)
-
Higgs, Douglas R
(författare)
-
Flint, Jonathan
(författare)
-
Knight, Samantha J L
(författare)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nucleic Acids Research: Oxford University Press (OUP)33:110305-10481362-4962
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Price, Thomas S
-
Regan, Regina
-
Mott, Richard
-
Hedman, Åsa
-
Honey, Ben
-
Daniels, Rachael ...
-
visa fler...
-
Smith, Lee
-
Greenfield, Andy
-
Tiganescu, Ana
-
Buckle, Veronica
-
Ventress, Nicki
-
Ayyub, Helena
-
Salhan, Anita
-
Pedraza-Diaz, Su ...
-
Broxholme, John
-
Ragoussis, Jiann ...
-
Higgs, Douglas R
-
Flint, Jonathan
-
Knight, Samantha ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet