Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-279075" >
Oligonucleotide gap...
Oligonucleotide gap-fill ligation for mutation detection and sequencing in situ.
-
- Mignardi, Marco (författare)
- Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för biokemi och biofysik
-
- Mezger, Anja (författare)
- Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för biokemi och biofysik
-
- Qian, Xiaoyan (författare)
- Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för biokemi och biofysik
-
visa fler...
-
- La Fleur, Linnea (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Botling, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Larsson, Chatarina (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för biokemi och biofysik
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015-08-03
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press (OUP). - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 43:22
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://academic.oup...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- In clinical diagnostics a great need exists for targeted in situ multiplex nucleic acid analysis as the mutational status can offer guidance for effective treatment. One well-established method uses padlock probes for mutation detection and multiplex expression analysis directly in cells and tissues. Here, we use oligonucleotide gap-fill ligation to further increase specificity and to capture molecular substrates for in situ sequencing. Short oligonucleotides are joined at both ends of a padlock gap probe by two ligation events and are then locally amplified by target-primed rolling circle amplification (RCA) preserving spatial information. We demonstrate the specific detection of the A3243G mutation of mitochondrial DNA and we successfully characterize a single nucleotide variant in the ACTB mRNA in cells by in situ sequencing of RCA products generated by padlock gap-fill ligation. To demonstrate the clinical applicability of our assay, we show specific detection of a point mutation in the EGFR gene in fresh frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) lung cancer samples and confirm the detected mutation by in situ sequencing. This approach presents several advantages over conventional padlock probes allowing simpler assay design for multiplexed mutation detection to screen for the presence of mutations in clinically relevant mutational hotspots directly in situ.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Klinisk laboratoriemedicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Clinical Laboratory Medicine (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- Pathology
- Patologi
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas