Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-328724" >
Evolutionary forces...
-
Clement, YvesMontpellier SupAgro, UMR AGAP, Montpellier, France.;Univ Montpellier, CNRS IRD EPHE, UMR ISEM 5554, Montpellier, France.;PSL Res Univ, Ecole Normale Super, CNRS, IBENS,INSERM, Paris, France.
(författare)
Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes
- Artikel/kapitelEngelska2017
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2017-05-22
-
PUBLIC LIBRARY SCIENCE,2017
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-328724
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-328724URI
-
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006799DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Base composition is highly variable among and within plant genomes, especially at third codon positions, ranging from GC-poor and homogeneous species to GC-rich and highly heterogeneous ones (particularly Monocots). Consequently, synonymous codon usage is biased in most species, even when base composition is relatively homogeneous. The causes of these variations are still under debate, with three main forces being possibly involved: mutational bias, selection and GC-biased gene conversion (gBGC). So far, both selection and gBGC have been detected in some species but how their relative strength varies among and within species remains unclear. Population genetics approaches allow to jointly estimating the intensity of selection, gBGC and mutational bias. We extended a recently developed method and applied it to a large population genomic dataset based on transcriptome sequencing of 11 angiosperm species spread across the phylogeny. We found that at synonymous positions, base composition is far from mutation-drift equilibrium in most genomes and that gBGC is a widespread and stronger process than selection. gBGC could strongly contribute to base composition variation among plant species, implying that it should be taken into account in plant genome analyses, especially for GC-rich ones.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Sarah, GautierINRA, UMR AGAP, Montpellier, France.;SouthGreen Platform, Montpellier, France.
(författare)
-
Holtz, YanMontpellier SupAgro, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Homa, FelixUppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,SouthGreen Platform, Montpellier, France.(Swepub:uu)felho141
(författare)
-
Pointet, StephanieSouthGreen Platform, Montpellier, France.;CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.;ALCEDIAG CNRS Sys2Diag FRE3690, Biol Complex Syst Modelling & Engn Diag, Montpellier, France.
(författare)
-
Contreras, SandySouthGreen Platform, Montpellier, France.;GenoScreen, Lille, France.
(författare)
-
Nabholz, BenoitUniv Montpellier, CNRS IRD EPHE, UMR ISEM 5554, Montpellier, France.
(författare)
-
Sabot, FrancoisSouthGreen Platform, Montpellier, France.;IRD, UMR DIADE, Montpellier, France.
(författare)
-
Saune, LaureINRA, CBGP UMR1062, Montferrier Sur Lez, France.
(författare)
-
Ardisson, MorganeINRA, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Bacilieri, RobertoINRA, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Besnard, GuillaumeUniv Toulouse III, CNRS ENSFEA IRD, UMR EDB 5174, Toulouse, France.
(författare)
-
Berger, AngeliqueCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Cardi, CelineCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
De Bellis, FabienCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Fouet, OlivierCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Jourda, CyrilCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.;CIRAD, UMR PVBMT, St Pierre, Reunion, France.
(författare)
-
Khadari, BouchaibINRA, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Lanaud, ClaireCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Leroy, ThierryCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Pot, David
(författare)
-
Sauvage, ChristopherINRA, GAFL UR1052, Montfavet, France.
(författare)
-
Scarcelli, NoraIRD, UMR DIADE, Montpellier, France.
(författare)
-
Tregear, JamesIRD, UMR DIADE, Montpellier, France.
(författare)
-
Vigouroux, YvesIRD, UMR DIADE, Montpellier, France.
(författare)
-
Yahiaoui, NabilaCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Ruiz, ManuelSouthGreen Platform, Montpellier, France.;CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Santoni, SylvainINRA, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Labouisse, Jean-PierreCIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Pham, Jean-LouisIRD, UMR DIADE, Montpellier, France.
(författare)
-
David, JacquesMontpellier SupAgro, UMR AGAP, Montpellier, France.
(författare)
-
Glemin, SylvainUppsala universitet,Växtekologi och evolution,Univ Montpellier(Swepub:uu)sylgl118
(författare)
-
Montpellier SupAgro, UMR AGAP, Montpellier, France.;Univ Montpellier, CNRS IRD EPHE, UMR ISEM 5554, Montpellier, France.;PSL Res Univ, Ecole Normale Super, CNRS, IBENS,INSERM, Paris, France.INRA, UMR AGAP, Montpellier, France.;SouthGreen Platform, Montpellier, France.
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:PLOS Genetics: PUBLIC LIBRARY SCIENCE13:51553-73901553-7404
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Clement, Yves
-
Sarah, Gautier
-
Holtz, Yan
-
Homa, Felix
-
Pointet, Stephan ...
-
Contreras, Sandy
-
visa fler...
-
Nabholz, Benoit
-
Sabot, Francois
-
Saune, Laure
-
Ardisson, Morgan ...
-
Bacilieri, Rober ...
-
Besnard, Guillau ...
-
Berger, Angeliqu ...
-
Cardi, Celine
-
De Bellis, Fabie ...
-
Fouet, Olivier
-
Jourda, Cyril
-
Khadari, Bouchai ...
-
Lanaud, Claire
-
Leroy, Thierry
-
Pot, David
-
Sauvage, Christo ...
-
Scarcelli, Nora
-
Tregear, James
-
Vigouroux, Yves
-
Yahiaoui, Nabila
-
Ruiz, Manuel
-
Santoni, Sylvain
-
Labouisse, Jean- ...
-
Pham, Jean-Louis
-
David, Jacques
-
Glemin, Sylvain
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
- Artiklar i publikationen
-
PLOS Genetics
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet