Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-356454" >
Engineering a palet...
-
Liljeruhm, JosefineUppsala universitet,Molekylärbiologi
(författare)
Engineering a palette of eukaryotic chromoproteins for bacterial synthetic biology
- Artikel/kapitelEngelska2018
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2018-05-10
-
BIOMED CENTRAL LTD,2018
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-356454
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-356454URI
-
https://doi.org/10.1186/s13036-018-0100-0DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Background: Coral reefs are colored by eukaryotic chromoproteins (CPs) that are homologous to green fluorescent protein. CPs differ from fluorescent proteins (FPs) by intensely absorbing visible light to give strong colors in ambient light. This endows CPs with certain advantages over FPs, such as instrument-free detection uncomplicated by ultra-violet light damage or background fluorescence, efficient Forster resonance energy transfer (FRET) quenching, and photoacoustic imaging. Thus, CPs have found utility as genetic markers and in teaching, and are attractive for potential cell biosensor applications in the field. Most near-term applications of CPs require expression in a different domain of life: bacteria. However, it is unclear which of the eukaryotic CP genes might be suitable and how best to assay them.Results: Here, taking advantage of codon optimization programs in 12 cases, we engineered 14 CP sequences (meffRed, eforRed, asPink, spisPink, scOrange, fwYellow, amilGFP, amajLime, cjBlue, mefiBlue, aeBlue, amilCP, tsPurple and gfasPurple) into a palette of Escherichia coil BioBrick plasmids. BioBricks comply with synthetic biology's most widely used, simplified, cloning standard. Differences in color intensities, maturation times and fitness costs of expression were compared under the same conditions, and visible readout of gene expression was quantitated. A surprisingly large variation in cellular fitness costs was found, resulting in loss of color in some overnight liquid cultures of certain high-copy-plasmid-borne CPs, and cautioning the use of multiple CPs as markers in competition assays. We solved these two problems by integrating pairs of these genes into the chromosome and by engineering versions of the same CP with very different colors.Conclusion: Availability of 14 engineered CP genes compared in E coil, together with chromosomal mutants suitable for competition assays, should simplify and expand CP study and applications. There was no single plasmid-borne CP that combined all of the most desirable features of intense color, fast maturation and low fitness cost, so this study should help direct future engineering efforts.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Funk, Saskia K.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
(författare)
-
Tietscher, SandraUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)santi436
(författare)
-
Edlund, Anders D.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
(författare)
-
Jamal, SabriUppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
(författare)
-
Yuen, PikkeiUppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)pikyu318
(författare)
-
Dyrhage, KarlUppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)kardy721
(författare)
-
Gynnå, Arvid H.Uppsala universitet,Molekylär systembiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)arvhe923
(författare)
-
Ivermark, KatarinaUppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning
(författare)
-
Lövgren, JessicaUppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning
(författare)
-
Törnblom, ViktorUppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning(Swepub:uu)vikto459
(författare)
-
Virtanen, Anders,1957-Uppsala universitet,Mikrobiologi(Swepub:uu)andevirt
(författare)
-
Lundin, ErikUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden(Swepub:uu)erilu637
(författare)
-
Wistand-Yuen, Erik,1980-Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)erigu245
(författare)
-
Forster, Anthony C.Uppsala universitet,Molekylärbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)antfo425
(författare)
-
Uppsala universitetMolekylärbiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Journal of Biological Engineering: BIOMED CENTRAL LTD121754-1611
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Liljeruhm, Josef ...
-
Funk, Saskia K.
-
Tietscher, Sandr ...
-
Edlund, Anders D ...
-
Jamal, Sabri
-
Yuen, Pikkei
-
visa fler...
-
Dyrhage, Karl
-
Gynnå, Arvid H.
-
Ivermark, Katari ...
-
Lövgren, Jessica
-
Törnblom, Viktor
-
Virtanen, Anders ...
-
Lundin, Erik
-
Wistand-Yuen, Er ...
-
Forster, Anthony ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Biolo ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet