Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-411100" >
A General Method fo...
A General Method for Targeted Quantitative Cross-Linking Mass Spectrometry.
-
Chavez, Juan D (författare)
-
Eng, Jimmy K (författare)
-
Schweppe, Devin K (författare)
-
visa fler...
-
Cilia, Michelle (författare)
-
Rivera, Keith (författare)
-
Zhong, Xuefei (författare)
-
Wu, Xia (författare)
-
Allen, Terrence (författare)
-
Khurgel, Moshe (författare)
-
Kumar, Akhilesh (författare)
-
Lampropoulos, Athanasios (författare)
-
- Larsson, Mårten (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala University
-
Maity, Shuvadeep (författare)
-
Morozov, Yaroslav (författare)
-
Pathmasiri, Wimal (författare)
-
Perez-Neut, Mathew (författare)
-
Pineyro-Ruiz, Coriness (författare)
-
Polina, Elizabeth (författare)
-
Post, Stephanie (författare)
-
Rider, Mark (författare)
-
Tokmina-Roszyk, Dorota (författare)
-
Tyson, Katherine (författare)
-
Vieira Parrine Sant'Ana, Debora (författare)
-
Bruce, James E (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2016-12-20
- 2016
- Engelska.
-
Ingår i: PLOS ONE. - : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 11:12
- Relaterad länk:
-
https://journals.plo...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Chemical cross-linking mass spectrometry (XL-MS) provides protein structural information by identifying covalently linked proximal amino acid residues on protein surfaces. The information gained by this technique is complementary to other structural biology methods such as x-ray crystallography, NMR and cryo-electron microscopy[1]. The extension of traditional quantitative proteomics methods with chemical cross-linking can provide information on the structural dynamics of protein structures and protein complexes. The identification and quantitation of cross-linked peptides remains challenging for the general community, requiring specialized expertise ultimately limiting more widespread adoption of the technique. We describe a general method for targeted quantitative mass spectrometric analysis of cross-linked peptide pairs. We report the adaptation of the widely used, open source software package Skyline, for the analysis of quantitative XL-MS data as a means for data analysis and sharing of methods. We demonstrate the utility and robustness of the method with a cross-laboratory study and present data that is supported by and validates previously published data on quantified cross-linked peptide pairs. This advance provides an easy to use resource so that any lab with access to a LC-MS system capable of performing targeted quantitative analysis can quickly and accurately measure dynamic changes in protein structure and protein interactions.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinsk bioteknologi -- Medicinsk bioteknologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Medical Biotechnology -- Medical Biotechnology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Strukturbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Structural Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Biologi med inriktning mot strukturbiologi
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
PLOS ONE
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Chavez, Juan D
-
Eng, Jimmy K
-
Schweppe, Devin ...
-
Cilia, Michelle
-
Rivera, Keith
-
Zhong, Xuefei
-
visa fler...
-
Wu, Xia
-
Allen, Terrence
-
Khurgel, Moshe
-
Kumar, Akhilesh
-
Lampropoulos, At ...
-
Larsson, Mårten
-
Maity, Shuvadeep
-
Morozov, Yarosla ...
-
Pathmasiri, Wima ...
-
Perez-Neut, Math ...
-
Pineyro-Ruiz, Co ...
-
Polina, Elizabet ...
-
Post, Stephanie
-
Rider, Mark
-
Tokmina-Roszyk, ...
-
Tyson, Katherine
-
Vieira Parrine S ...
-
Bruce, James E
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Strukturbiologi
- Artiklar i publikationen
-
PLOS ONE
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet