Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-421656" >
A comprehensive ana...
A comprehensive analysis of coding and non-coding transcriptomic changes in cutaneous squamous cell carcinoma
-
- Das Mahapatra, Kunal (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Pasquali, Lorenzo (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Søndergaard, Jonas Nørskov (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa fler...
-
- Lapins, Jan (författare)
- Karolinska Institutet
-
Nemeth, István Balazs (författare)
-
Baltás, Eszter (författare)
-
Kemény, Lajos (författare)
-
Homey, Bernhard (författare)
-
Moldovan, Liviu-Ionut (författare)
-
Kjems, Jørgen (författare)
-
- Kutter, Claudia (författare)
- Karolinska Institutet
-
- Sonkoly, Enikö (författare)
- Karolinska Institutet
-
Kristensen, Lasse Sommer (författare)
-
- Pivarcsi, Andor (författare)
- Karolinska Institutet
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2020-02-27
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 10:1
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://kipublication...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Cutaneous Squamous Cell Carcinoma (cSCC) is the most common and fastest-increasing cancer with metastatic potential. Long non-coding RNAs (lncRNAs) and circular RNAs (circRNAs) are novel regulators of gene expression. To identify mRNAs, lncRNAs and circRNAs, which can be involved in cSCC, RNA-seq was performed on nine cSCCs and seven healthy skin samples. Representative transcripts were validated by NanoString nCounter assays using an extended cohort, which also included samples from pre-cancerous skin lesions (actinic keratosis). 5,352 protein-coding genes, 908 lncRNAs and 55 circular RNAs were identified to be differentially expressed in cSCC. Targets of 519 transcription factors were enriched among differentially expressed genes, 105 of which displayed altered level in cSCCs, including fundamental regulators of skin development (MYC, RELA, ETS1, TP63). Pathways related to cell cycle, apoptosis, inflammation and epidermal differentiation were enriched. In addition to known oncogenic lncRNAs (PVT1, LUCAT1, CASC9), a set of skin-specific lncRNAs were were identified to be dysregulated. A global downregulation of circRNAs was observed in cSCC, and novel skin-enriched circRNAs, circ_IFFO2 and circ_POF1B, were identified and validated. In conclusion, a reference set of coding and non-coding transcripts were identified in cSCC, which may become potential therapeutic targets or biomarkers.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Dermatologi och venereologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Dermatology and Venereal Diseases (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Das Mahapatra, K ...
-
Pasquali, Lorenz ...
-
Søndergaard, Jon ...
-
Lapins, Jan
-
Nemeth, István B ...
-
Baltás, Eszter
-
visa fler...
-
Kemény, Lajos
-
Homey, Bernhard
-
Moldovan, Liviu- ...
-
Kjems, Jørgen
-
Kutter, Claudia
-
Sonkoly, Enikö
-
Kristensen, Lass ...
-
Pivarcsi, Andor
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Dermatologi och ...
- Artiklar i publikationen
-
Scientific Repor ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet