Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-511066" >
RNA interactome cap...
RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
-
- Stenum, Thomas Søndergaard (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi och immunologi
-
- Kumar, Ankith D. (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi och immunologi
-
- Sandbaumhueter, Friederike A. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
visa fler...
-
- Kjellin, Jonas (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi och immunologi
-
- Jerlström-Hultqvist, Joel, 1982- (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi och immunologi
-
- Andrén, Per E., Professor, 1957- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Institutionen för läkemedelskemi
-
- Koskiniemi, Sanna, 1980- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Mikrobiologi och immunologi
-
- Jansson, Erik T., Docent, tekn. dr. 1984- (författare)
- Uppsala universitet,Analytisk kemi,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
-
- Holmqvist, Erik, 1977- (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi och immunologi
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2023-03-29
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press. - 0305-1048 .- 1362-4962. ; 51:9, s. 4572-4587
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- RNA-binding proteins (RPBs) are deeply involved in fundamental cellular processes in bacteria and are vital for their survival. Despite this, few studies have so far been dedicated to direct and global identification of bacterial RBPs. We have adapted the RNA interactome capture (RIC) technique, originally developed for eukaryotic systems, to globally identify RBPs in bacteria. RIC takes advantage of the base pairing potential of poly(A) tails to pull-down RNA-protein complexes. Overexpressing poly(A) polymerase I in Escherichia coli drastically increased transcriptome-wide RNA polyadenylation, enabling pull-down of crosslinked RNA-protein complexes using immobilized oligo(dT) as bait. With this approach, we identified 169 putative RBPs, roughly half of which are already annotated as RNA-binding. We experimentally verified the RNA-binding ability of a number of uncharacterized RBPs, including YhgF, which is exceptionally well conserved not only in bacteria, but also in archaea and eukaryotes. We identified YhgF RNA targets in vivo using CLIP-seq, verified specific binding in vitro, and reveal a putative role for YhgF in regulation of gene expression. Our findings present a simple and robust strategy for RBP identification in bacteria, provide a resource of new bacterial RBPs, and lay the foundation for further studies of the highly conserved RBP YhgF.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Stenum, Thomas S ...
-
Kumar, Ankith D.
-
Sandbaumhueter, ...
-
Kjellin, Jonas
-
Jerlström-Hultqv ...
-
Andrén, Per E., ...
-
visa fler...
-
Koskiniemi, Sann ...
-
Jansson, Erik T. ...
-
Holmqvist, Erik, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic Acids Re ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet