Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-512755" >
A chromosome-level ...
A chromosome-level genome assembly for the Rock Ptarmigan (Lagopus muta)
-
- Squires, Theodore E. (författare)
- Uppsala universitet,Zooekologi,Univ Akureyri, Fac Nat Resource Sci, Borgir vio Noroursloo, IS-600 Akureyri, Iceland.
-
- Rödin Mörch, Patrik, 1985- (författare)
- Uppsala universitet,Zooekologi,Univ Akureyri, Fac Nat Resource Sci, Borgir vio Noroursloo, IS-600 Akureyri, Iceland.
-
- Formenti, Giulio (författare)
- Rockefeller Univ, Ctr Genom & Syst Biol, 1230 York Ave, New York, NY 10065 USA.
-
visa fler...
-
- Tracey, Alan (författare)
- Wellcome Sanger Inst, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SA, Cambs, England.
-
- Abueg, Linelle (författare)
- Rockefeller Univ, Ctr Genom & Syst Biol, 1230 York Ave, New York, NY 10065 USA.
-
- Brajuka, Nadolina (författare)
- Rockefeller Univ, Ctr Genom & Syst Biol, 1230 York Ave, New York, NY 10065 USA.
-
- Jarvis, Erich (författare)
- Rockefeller Univ, Ctr Genom & Syst Biol, 1230 York Ave, New York, NY 10065 USA.
-
- Halapi, Eva C. (författare)
- Univ Akureyri, Fac Nat Resource Sci, Borgir vio Noroursloo, IS-600 Akureyri, Iceland.
-
- Melsted, Pall (författare)
- Univ Iceland, Dept Comp Sci, Saemundargata 2, IS-102 Reykjavik, Iceland.;Univ Iceland, Biomed Ctr, Med Pk,Vatnsmyrarvegur 16, IS-101 Reykjavik, Iceland.
-
- Höglund, Jacob (författare)
- Uppsala universitet,Zooekologi
-
- Magnusson, Kristinn Petur (författare)
- Univ Akureyri, Fac Nat Resource Sci, Borgir vio Noroursloo, IS-600 Akureyri, Iceland.;Univ Iceland, Biomed Ctr, Med Pk,Vatnsmyrarvegur 16, IS-101 Reykjavik, Iceland.;Iceland Inst Nat Hist, Borgir vio Noroursloo, IS-600 Akureyri, Iceland.
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Oxford University Press, 2023
- 2023
- Engelska.
-
Ingår i: G3. - : Oxford University Press. - 2160-1836. ; 13:7
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The Rock Ptarmigan (Lagopus muta) is a cold-adapted, largely sedentary, game bird with a Holarctic distribution. The species represents an important example of an organism likely to be affected by ongoing climatic shifts across a disparate range. We provide here a highquality reference genome and mitogenome for the Rock Ptarmigan assembled from PacBio HiFi and Hi-C sequencing of a female bird from Iceland. The total size of the genome is 1.03 Gb with a scaffold N50 of 71.23 Mb and a contig N50 of 17.91 Mb. The final scaffolds represent all 40 predicted chromosomes, and the mitochondria with a BUSCO score of 98.6%. Gene annotation resulted in 16,078 protein-coding genes out of a total 19,831 predicted (81.08% excluding pseudogenes). The genome included 21.07% repeat sequences, and the average length of genes, exons, and introns were 33605, 394, and 4265 bp, respectively. The availability of a new reference-quality genome will contribute to understanding the Rock Ptarmigan's unique evolutionary history, vulnerability to climate change, and demographic trajectories around the globe while serving as a benchmark for species in the family Phasianidae (order Galliformes).
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Evolutionsbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Evolutionary Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Rock Ptarmigan
- Lagopus muta
- reference genome
- PacBio Hifi
- evolutionary biology
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
G3
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Squires, Theodor ...
-
Rödin Mörch, Pat ...
-
Formenti, Giulio
-
Tracey, Alan
-
Abueg, Linelle
-
Brajuka, Nadolin ...
-
visa fler...
-
Jarvis, Erich
-
Halapi, Eva C.
-
Melsted, Pall
-
Höglund, Jacob
-
Magnusson, Krist ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Evolutionsbiolog ...
- Artiklar i publikationen
-
G3
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet