Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-92947" >
Structure probing o...
Structure probing of tmRNA in distinct stages of trans-translation
-
- Ivanova, Natalia (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Ehrenberg
-
- Lindell, Magnus (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
- Pavlov, Michael (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Ehrenberg
-
visa fler...
-
- Holmberg Schiavone, Lovisa (författare)
- Södertörns högskola,Institutionen för livsvetenskaper
-
- Wagner, Gerhart E. H. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
- Ehrenberg, Måns (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Ehrenberg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Cold Spring Harbor Laboratory, 2007
- 2007
- Engelska.
-
Ingår i: RNA. - : Cold Spring Harbor Laboratory. - 1355-8382 .- 1469-9001. ; 13:5, s. 713-722
- Relaterad länk:
-
http://rnajournal.cs...
-
visa fler...
-
http://www.ncbi.nlm....
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Ribosomes stalled on problematic mRNAs in bacterial cells can be rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA), its helperprotein (small protein B, SmpB), and elongation factor Tu (EF-Tu) through a mechanism called trans-translation. In this work weused lead(II) footprinting to probe the interactions of tmRNA with SmpB and other components of the translation machinery atdifferent steps of the trans-translation cycle. Ribosomes with a short nascent peptide stalled on a truncated mRNA were reactedwith Ala-tmRNA EF-Tu GTP, SmpB, and other translation components to initiate and execute trans-translation. Free tmRNA was d dprobed with lead(II) acetate with and without SmpB, and ribosome bound tmRNA was probed in one of four different trans-translation states stabilized by antibiotic addition or selective exclusion of translation components. For comparison, we alsoanalyzed lead(II) cleavage patterns of tmRNA in vivo in a wild-type as well as in an SmpB-deficient Escherichia coli strain. Weobserved some specific cleavages/protections in tmRNA for the individual steps of trans-translation, but the overall tmRNAconformation appeared to be similar in the stages analyzed. Our findings suggest that, in vivo, a dominant fraction of tmRNA isin complex with SmpB and that, in vitro, SmpB remains tmRNA bound at the initial steps of trans-translation.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- tmRNA
- SmpB
- structural probing
- lead(II)
- trans-translation
- Biology
- Biologi
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
RNA
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas