Early vertebrate chromosome duplications and the evolution of the neuropeptide Y receptor gene regions

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-96164" > Early vertebrate ch...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Larsson, TomasUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap (författare)

Early vertebrate chromosome duplications and the evolution of the neuropeptide Y receptor gene regions

Artikel/kapitelEngelska2008

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2008-06-25
Springer Science and Business Media LLC,2008
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-96164
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-96164URI
https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-184DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:for swepub-publicationtype

Anmärkningar

Background One of the many gene families that expanded in early vertebrate evolution is the neuropeptide (NPY) receptor family of G-protein coupled receptors. Earlier work by our lab suggested that several of the NPY receptor genes found in extant vertebrates resulted from two genome duplications before the origin of jawed vertebrates (gnathostomes) and one additional genome duplication in the actinopterygian lineage, based on their location on chromosomes sharing several gene families. In this study we have investigated, in five vertebrate genomes, 45 gene families with members close to the NPY receptor genes in the compact genomes of the teleost fishes Tetraodon nigroviridis and Takifugu rubripes. These correspond to Homo sapiens chromosomes 4, 5, 8 and 10. Results Chromosome regions with conserved synteny were identified and confirmed by phylogenetic analyses in H. sapiens, M. musculus, D. rerio, T. rubripes and T. nigroviridis. 26 gene families, including the NPY receptor genes, (plus 3 described recently by other labs) showed a tree topology consistent with duplications in early vertebrate evolution and in the actinopterygian lineage, thereby supporting expansion through block duplications. Eight gene families had complications that precluded analysis (such as short sequence length or variable number of repeated domains) and another eight families did not support block duplications (because the paralogs in these families seem to have originated in another time window than the proposed genome duplication events). RT-PCR carried out with several tissues in T. rubripes revealed that all five NPY receptors were expressed in the brain and subtypes Y2, Y4 and Y8 were also expressed in peripheral organs. Conclusion We conclude that the phylogenetic analyses and chromosomal locations of these gene families support duplications of large blocks of genes or even entire chromosomes. Thus, these results are consistent with two early vertebrate tetraploidizations forming a paralogon comprising human chromosomes 4, 5, 8 and 10 and one teleost tetraploidization. The combination of positional and phylogenetic data further strengthens the identification of orthologs and paralogs in the NPY receptor family.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Fysiologi hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Physiology hsv//eng
Physiology and pharmacology
Fysiologi och farmakologi

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Olsson, FridaUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap (författare)
Sundström, GörelUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap(Swepub:uu)gosun020 (författare)
Lundin, Lars-GustavUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap (författare)
Brenner, Sydney (författare)
Venkatesh, Byrappa (författare)
Larhammar, DanUppsala universitet,Institutionen för neurovetenskap(Swepub:uu)dla05000 (författare)
Uppsala universitetInstitutionen för neurovetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:BMC Evolutionary Biology: Springer Science and Business Media LLC8:1, s. 184-1471-2148

Internetlänk

Hitta via bibliotek

BMC Evolutionary Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Larsson, Tomas; Olsson, Frida; Sundström, Görel; Lundin, Lars-Gus ...; Brenner, Sydney; Venkatesh, Byrap ...; visa fler...; Larhammar, Dan; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Fysiologi

Artiklar i publikationen: BMC Evolutionary ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se