Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/125739" >
454 Pyrosequencing ...
454 Pyrosequencing and Sanger sequencing of tropical mycorrhizal fungi provide similar results but reveal substantial methodological biases
-
Tedersoo, L. (författare)
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
visa fler...
-
Jairus, Teele (författare)
-
Sadam, Ave (författare)
-
Saar, Irja (författare)
-
Bahram, Mohammad (författare)
-
Bechem, Eneke (författare)
-
Chuyong, George (författare)
-
Kõljalg, Urmas (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2010-07-15
- 2010
- Engelska.
-
Ingår i: New Phytologist. - : Wiley. - 0028-646X. ; 188:1, s. 291-301
- Relaterad länk:
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Compared with Sanger sequencing-based methods, pyrosequencing provides orders of magnitude more data on the diversity of organisms in their natural habitat, but its technological biases and relative accuracy remain poorly understood. This study compares the performance of pyrosequencing and traditional sequencing for species’ recovery of ectomycorrhizal fungi on root tips in a Cameroonian rain forest and addresses biases related to multi-template PCR and pyrosequencing analyses. Pyrosequencing and the traditional method yielded qualitatively similar results, but there were slight, but significant, differences that affected the taxonomic view of the fungal community. We found that most pyrosequencing singletons were artifactual and contained a strongly elevated proportion of insertions compared with natural intra- and interspecific variation. The alternative primers, DNA extraction methods and PCR replicates strongly influenced the richness and community composition as recovered by pyrosequencing. Pyrosequencing offers a powerful alternative for the identification of ectomycorrhizal fungi in pooled root samples, but requires careful selection of molecular tools. A well-populated backbone database facilitates the detection of biological and technical artifacts. The pyrosequencing pipeline is available at http://unite.ut.ee/454pipeline.tgz.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Zoologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Zoology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Geovetenskap och miljövetenskap -- Annan geovetenskap och miljövetenskap (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Earth and Related Environmental Sciences -- Other Earth and Related Environmental Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- 454 massively parallel pyrosequencing; artifacts; biodiversity; community structure; ectomycorrizal fungi; Korup National Park; PCR bias
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Tedersoo, L.
-
Nilsson, R. Henr ...
-
Abarenkov, Kessy
-
Jairus, Teele
-
Sadam, Ave
-
Saar, Irja
-
visa fler...
-
Bahram, Mohammad
-
Bechem, Eneke
-
Chuyong, George
-
Kõljalg, Urmas
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Zoologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Geovetenskap och ...
-
och Annan geovetensk ...
- Artiklar i publikationen
-
New Phytologist
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet