Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/138496" >
V-RevComp: automate...
V-RevComp: automated high-throughput detection of reverse complementary 16S ribosomal RNA gene sequences in large environmental and taxonomic datasets
-
Hartmann, Martin, 1977 (författare)
-
Howes, Charles G. (författare)
-
Veldre, Vilmar (författare)
-
visa fler...
-
Schneider, Salome (författare)
-
Vaishampayan, Parag A. (författare)
-
Yannarell, Anthony C. (författare)
-
Quince, Christopher, 1975 (författare)
-
Johansson, Per (författare)
-
Björkroth, K. Johanna (författare)
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
Hallam, Steven J. (författare)
-
Mohn, William W. (författare)
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2011-04-27
- 2011
- Engelska.
-
Ingår i: FEMS Microbiology Letters. - : Oxford University Press (OUP). - 0378-1097. ; 319:2, s. 140-145
- Relaterad länk:
-
https://academic.oup...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Reverse complementary DNA sequences – sequences that are inadvertently given backwards with all purines and pyrimidines transposed – can affect sequence analysis detrimentally unless taken into account. We present an open-source, high-throughput software tool – V-RevComp (http://www.cmde.science.ubc.ca/mohn/software.html) – to detect and reorient reverse complementary entries of the small-subunit rRNA (16S) gene from sequencing datasets, particularly from environmental sources. The software supports sequence lengths ranging from full-length down to the short reads that are characteristic of next generation sequencing technologies. We evaluated the reliability of V-RevComp by screening all 406 781 16S sequences deposited in release 102 of the curated SILVA database and demonstrated that the tool has a detection accuracy of virtually 100%. We subsequently used V-RevComp to analyze 1 171 646 16S sequences deposited in the International Nucleotide Sequence Databases and found that about 1% of these user-submitted sequences were reverse complementary. In addition, a non-trivial proportion of entries were otherwise anomalous, including reverse complementary chimeras, sequences associated with wrong taxa, non-ribosomal genes, sequences of poor quality or otherwise erroneous sequences without reasonable match to any other entry in the database. Thus, V-RevComp is highly efficient in detecting and reorienting reverse complementary 16S sequences of almost any length and can be used to detect various sequence anomalies.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Programvaruteknik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Software Engineering (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
Nyckelord
- software; SSU rRNA gene; 16S sequence; reverse complementary; Hidden Markov Model; HMMER
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Hartmann, Martin ...
-
Howes, Charles G ...
-
Veldre, Vilmar
-
Schneider, Salom ...
-
Vaishampayan, Pa ...
-
Yannarell, Antho ...
-
visa fler...
-
Quince, Christop ...
-
Johansson, Per
-
Björkroth, K. Jo ...
-
Abarenkov, Kessy
-
Hallam, Steven J ...
-
Mohn, William W.
-
Nilsson, R. Henr ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Programvarutekni ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
- Artiklar i publikationen
-
FEMS Microbiolog ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet