SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/141635"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/141635" > Network modeling of...

  • Jörnsten, Rebecka,1971Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)

Network modeling of the transcriptional effects of copy number aberrations in glioblastoma

  • Artikel/kapitelEngelska2011

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2011-04-26
  • EMBO,2011
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/141635
  • https://gup.ub.gu.se/publication/141635URI
  • https://doi.org/10.1038/msb.2011.17DOI
  • https://lup.lub.lu.se/record/1987685URI
  • https://research.chalmers.se/publication/141635URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-33963URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-153949URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • QC 20110531
  • DNA copy number aberrations (CNAs) are a hallmark of cancer genomes. However, little is known about how such changes affect global gene expression. We develop a modeling framework, EPoC (Endogenous Perturbation analysis of Cancer), to (1) detect disease-driving CNAs and their effect on target mRNA expression, and to (2) stratify cancer patients into long- and short-term survivors. Our method constructs causal network models of gene expression by combining genome-wide DNA- and RNA-level data. Prognostic scores are obtained from a singular value decomposition of the networks. By applying EPoC to glioblastoma data from The Cancer Genome Atlas consortium, we demonstrate that the resulting network models contain known disease-relevant hub genes, reveal interesting candidate hubs, and uncover predictors of patient survival. Targeted validations in four glioblastoma cell lines support selected predictions, and implicate the p53-interacting protein Necdin in suppressing glioblastoma cell growth. We conclude that large-scale network modeling of the effects of CNAs on gene expression may provide insights into the biology of human cancer. Free software in MATLAB and R is provided.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Abenius, Tobias,1979Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)btobias (författare)
  • Kling, Teresia,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xdahte (författare)
  • Schmidt, Linnéa,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xschml (författare)
  • Johansson, ErikGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin,Institute of Biomedicine,University of Gothenburg(Swepub:cth)xjerik (författare)
  • Nordling, Torbjorn E. M.KTH,Reglerteknik(Swepub:kth)u15vtycm (författare)
  • Nordlander, Bodil,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi, mikrobiologi,Department of Cell and Molecular Biology, Microbiology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xnobod (författare)
  • Sander, ChrisMemorial Sloan-Kettering Cancer Center (författare)
  • Gennemark, Peter,1974Uppsala universitet,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Analys och tillämpad matematik(Swepub:cth)peterg (författare)
  • Funa, Keiko,1949Göteborgs universitet,University of Gothenburg(Swepub:gu)xfunke (författare)
  • Nilsson, BjörnLund University,Lunds universitet,Avdelningen för hematologi och transfusionsmedicin,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Hematology and Transfusion Medicine,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine(Swepub:cth)nilbjo (författare)
  • Lindahl, Linda,1972Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg (författare)
  • Nelander, Sven,1974Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xnelsv (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Molecular Systems Biology: EMBO71744-4292

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy