Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/156835" >
System-scale networ...
System-scale network modeling of cancer using EPoC
-
- Abenius, Tobias, 1979 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Jörnsten, Rebecka, 1971 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Kling, Teresia, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
visa fler...
-
- Schmidt, Linnéa, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
- Sánchez, José, 1979 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg
-
- Nelander, Sven, 1974 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin,Institute of Medicine,University of Gothenburg
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- ISBN 9781441972095
- 2011-11-18
- 2012
- Engelska.
-
Ingår i: Advances in Experimental Medicine and Biology. - New York, NY : Springer New York. - 0065-2598. - 9781441972095 ; 736:5, s. 617-643
- Relaterad länk:
-
http://dx.doi.org/10...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
visa färre...
Innehållsförteckning
Abstract
Ämnesord
Stäng
No table of content available
- One of the central problems of cancer systems biology is to understand the complex molecular changes of cancerous cells and tissues, and use this understanding to support the development of new targeted therapies. EPoC (Endogenous Perturbation analysis of Cancer) is a network modeling technique for tumor molecular profiles. EPoC models are constructed from combined copy number aberration (CNA) and mRNA data and aim to (1) identify genes whose copy number aberrations significantly affect target mRNA expression and (2) generate markers for long- and short-term survival of cancer patients. Models are constructed by a combination of regression and bootstrapping methods. Prognostic scores are obtained from a singular value decomposition of the networks. We have previously analyzed the performance of EPoC using glioblastoma data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium, and have shown that resulting network models contain both known and candidate disease-relevant genes as network hubs, as well as uncover predictors of patient survival. Here, we give a practical guide how to perform EPoC modeling in practice using R, and present a set of alternative modeling frameworks.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Annan biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Other Biological Topics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Matematik -- Sannolikhetsteori och statistik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Mathematics -- Probability Theory and Statistics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Abenius, Tobias, ...
-
Jörnsten, Rebeck ...
-
Kling, Teresia, ...
-
Schmidt, Linnéa, ...
-
Sánchez, José, 1 ...
-
Nelander, Sven, ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Annan biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Matematik
-
och Sannolikhetsteor ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
-
Advances in Expe ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Chalmers tekniska högskola