Metaxa: Automated detection and discrimination among ribosomal small subunit (12S/16S/18S) sequences of archaea, bacteria, eukaryotes, mitochondria, and chloroplasts

Bengtsson, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Physiology,University of Gothenburg (författare)

The ribosomal small subunit (SSU) rRNA gene has emerged as an important genetic marker for taxonomic identification in environmental sequencing datasets. However, the gene is not only present in the nuclear genome of eukaryotes and the core genome of prokaryotes, but also in the mitochondria and chloroplasts of eukaryotes. The SSU genes in the core genome, mitochondria and chloroplast are conceptually paralogous and should in most situations not be aligned and analyzed jointly, e.g. when estimating species diversity. Identifying the origin of SSU sequences in complex sequence datasets is a time-consuming and largely manual undertaking. To ease this situation, we have created Metaxa, an automated software tool to extract full-length and partial SSU sequences from larger sequence datasets and assign them to an archaeal, bacte- rial, nuclear eukaryote, mitochondrial, or chloroplast origin. Metaxa very efficiently detects SSU sequences from fragments as short as 200 base pairs, and correctly classifies 97% of the identified genes at read lengths typically obtained from pyrosequencing. In addition, Metaxa shows a false positive rate of 0.00012% when run on random DNA fragments, showing the robustness of the method. We believe that this tool will be useful in microbial and evolutionary ecology as well as in metagenomics.

Eriksson, Martin,1970Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:cth)marte (författare)
Hartmann, Martin (författare)
Wang, Zheng,1980 (författare)
Shenoy, Belle D (författare)
Grelet, G (författare)
Abarenkov, Kessy (författare)
Petri, Anna,1980Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xpetra (författare)
Alm Rosenblad, Magnus,1957Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xalmma (författare)
Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xnihen (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Bengtsson, Johan ...; Eriksson, Martin ...; Hartmann, Martin; Wang, Zheng, 198 ...; Shenoy, Belle D; Grelet, G; visa fler...; Abarenkov, Kessy; Petri, Anna, 198 ...; Alm Rosenblad, M ...; Nilsson, R. Henr ...; visa färre...

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.