onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/253121"
Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/253121" > Context-specific in...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Georgi, Benjamin (författare)
Context-specific independence mixture modeling for positional weight matrices.
- Artikel/kapitelEngelska2006
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2006-07-15
- Oxford University Press (OUP),2006
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/253121
- https://gup.ub.gu.se/publication/253121URI
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl249DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- A positional weight matrix (PWM) is a statistical representation of the binding pattern of a transcription factor estimated from known binding site sequences. Previous studies showed that for factors which bind to divergent binding sites, mixtures of multiple PWMs increase performance. However, estimating a conventional mixture distribution for each position will in many cases cause overfitting.We propose a context-specific independence (CSI) mixture model and a learning algorithm based on a Bayesian approach. The CSI model adjusts complexity to fit the amount of variation observed on the sequence level in each position of a site. This not only yields a more parsimonious description of binding patterns, which improves parameter estimates, it also increases robustness as the model automatically adapts the number of components to fit the data. Evaluation of the CSI model on simulated data showed favorable results compared to conventional mixtures. We demonstrate its adaptive properties in a classical model selection setup. The increased parsimony of the CSI model was shown for the transcription factor Leu3 where two binding-energy subgroups were distinguished equally well as with a conventional mixture but requiring 30% less parameters. Analysis of the human-mouse conservation of predicted binding sites of 64 JASPAR TFs showed that CSI was as good or better than a conventional mixture for 89% of the TFs and for 70% for a single PWM model.http://algorithmics.molgen.mpg.de/mixture.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- Algorithms
- Animals
- Base Sequence
- Binding Sites
- Computer Simulation
- DNA
- genetics
- Humans
- Mice
- Models
- Genetic
- Models
- Statistical
- Molecular Sequence Data
- Protein Binding
- Sequence Alignment
- methods
- Sequence Analysis
- DNA
- methods
- Software
- Transcription Factors
- genetics
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Schliep, Alexander,1967Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för data- och informationsteknik, datavetenskap (GU),Department of Computer Science and Engineering, Computing Science (GU)(Swepub:gu)xscale (författare)
- Göteborgs universitetInstitutionen för data- och informationsteknik, datavetenskap (GU) (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Bioinformatics (Oxford, England): Oxford University Press (OUP)22:141367-48111367-4803
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Bioinformatics (Oxford, England) (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Georgi, Benjamin
- Schliep, Alexand ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Bioinformatics ( ...
- Av lärosätet
- Göteborgs universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
