Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/263836" >
Taxonomic annotatio...
Taxonomic annotation of public fungal ITS sequences from the built environment - a report from an April 10-11, 2017 workshop (Aberdeen, UK)
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Taylor, A. F. S. (författare)
-
Adams, R. I. (författare)
-
visa fler...
-
Baschien, C. (författare)
-
- Bengtsson-Palme, Johan, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine
-
- Cangren, Patrik (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Coleine, C. (författare)
-
Daniel, H. M. (författare)
-
Glassman, S. I. (författare)
-
Hirooka, Y. (författare)
-
Irinyi, L. (författare)
-
Irsenaite, R. (författare)
-
Martin-Sanchez, P. M. (författare)
-
Meyer, W. (författare)
-
Oh, S. Y. (författare)
-
Sampaio, J. P. (författare)
-
Seifert, K. A. (författare)
-
Sklenar, F. (författare)
-
Stubbe, D. (författare)
-
Suh, S. O. (författare)
-
Summerbell, R. (författare)
-
- Svantesson, Sten (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Unterseher, M. (författare)
-
Visagie, C. M. (författare)
-
Weiss, M. (författare)
-
Woudenberg, J. H. C. (författare)
-
- Wurzbacher, Christian, 1980 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Van den Wyngaert, S. (författare)
-
Yilmaz, N. (författare)
-
Yurkov, A. (författare)
-
Koljalg, U. (författare)
-
Abarenkov, K. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-01-08
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Mycokeys. - : Pensoft Publishers. - 1314-4057 .- 1314-4049. ; :28, s. 65-82
- Relaterad länk:
-
https://mycokeys.pen...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.3...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Recent DNA-based studies have shown that the built environment is surprisingly rich in fungi. These indoor fungi - whether transient visitors or more persistent residents - may hold clues to the rising levels of human allergies and other medical and building-related health problems observed globally. The taxonomic identity of these fungi is crucial in such pursuits. Molecular identification of the built mycobiome is no trivial undertaking, however, given the large number of unidentified, misidentified, and technically compromised fungal sequences in public sequence databases. In addition, the sequence metadata required to make informed taxonomic decisions - such as country and host/substrate of collection - are often lacking even from reference and ex-type sequences. Here we report on a taxonomic annotation workshop (April 10-11, 2017) organized at the James Hutton Institute/University of Aberdeen (UK) to facilitate reproducible studies of the built mycobiome. The 32 participants went through public fungal ITS bar-code sequences related to the built mycobiome for taxonomic and nomenclatural correctness, technical quality, and metadata availability. A total of 19,508 changes - including 4,783 name changes, 14,121 metadata annotations, and the removal of 99 technically compromised sequences - were implemented in the UNITE database for molecular identification of fungi (https://unite.ut.ee/) and shared with a range of other databases and downstream resources. Among the genera that saw the largest number of changes were Penicillium, Talaromyces, Cladosporium, Acremonium, and Alternaria, all of them of significant importance in both culture-based and culture-independent surveys of the built environment.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- Indoor mycobiome
- built environment
- molecular identification
- fungi
- taxonomy
- systematics
- phylogenetic classification
- pathogenic fungi
- identification
- database
- aspergillus
- Mycology
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
-
Mycokeys
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Nilsson, R. Henr ...
-
Taylor, A. F. S.
-
Adams, R. I.
-
Baschien, C.
-
Bengtsson-Palme, ...
-
Cangren, Patrik
-
visa fler...
-
Coleine, C.
-
Daniel, H. M.
-
Glassman, S. I.
-
Hirooka, Y.
-
Irinyi, L.
-
Irsenaite, R.
-
Martin-Sanchez, ...
-
Meyer, W.
-
Oh, S. Y.
-
Sampaio, J. P.
-
Seifert, K. A.
-
Sklenar, F.
-
Stubbe, D.
-
Suh, S. O.
-
Summerbell, R.
-
Svantesson, Sten
-
Unterseher, M.
-
Visagie, C. M.
-
Weiss, M.
-
Woudenberg, J. H ...
-
Wurzbacher, Chri ...
-
Van den Wyngaert ...
-
Yilmaz, N.
-
Yurkov, A.
-
Koljalg, U.
-
Abarenkov, K.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
- Artiklar i publikationen
-
Mycokeys
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet