Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/268169" >
Genome-wide multi-o...
Genome-wide multi-omics profiling of the 8p11-p12 amplicon in breast carcinoma.
-
- Parris, Toshima Z, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
- Werner Rönnerman, Elisabeth, 1970 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
- Engqvist, Hanna, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
visa fler...
-
- Biermann, Jana (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
- Truvé, Katarina (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Bioinformatics,Core Facilities, Bioinformatics
-
- Nemes, Szilard, 1977 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för ortopedi,Institute of Clinical Sciences, Department of Orthopaedics
-
- Forssell-Aronsson, Eva, 1961 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för radiofysik,Institute of Clinical Sciences, Department of Radiation Physics
-
- Solinas, Giovanni (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Wallenberglaboratoriet,Wallenberg Laboratory
-
Kovács, Anikó (författare)
-
- Karlsson, Per, 1963 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
- Helou, Khalil, 1966 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-05-08
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Oncotarget. - : Impact Journals, LLC. - 1949-2553. ; 9:35, s. 24140-24154
- Relaterad länk:
-
https://www.oncotarg...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Genomic instability contributes to the neoplastic phenotype by deregulating key cancer-related genes, which in turn can have a detrimental effect on patient outcome. DNA amplification of the 8p11-p12 genomic region has clinical and biological implications in multiple malignancies, including breast carcinoma where the amplicon has been associated with tumor progression and poor prognosis. However, oncogenes driving increased cancer-related death and recurrent genetic features associated with the 8p11-p12 amplicon remain to be identified. In this study, DNA copy number and transcriptome profiling data for 229 primary invasive breast carcinomas (corresponding to 185 patients) were evaluated in conjunction with clinicopathological features to identify putative oncogenes in 8p11-p12 amplified samples. Illumina paired-end whole transcriptome sequencing and whole-genome SNP genotyping were subsequently performed on 23 samples showing high-level regional 8p11-p12 amplification to characterize recurrent genetic variants (SNPs and indels), expressed gene fusions, gene expression profiles and allelic imbalances. We now show previously undescribed chromothripsis-like patterns spanning the 8p11-p12 genomic region and allele-specific DNA amplification events. In addition, recurrent amplification-specific genetic features were identified, including genetic variants in the HIST1H1E and UQCRHL genes and fusion transcripts containing MALAT1 non-coding RNA, which is known to be a prognostic indicator for breast cancer and stimulated by estrogen. In summary, these findings highlight novel candidate targets for improved treatment of 8p11-p12 amplified breast carcinomas.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Parris, Toshima ...
-
Werner Rönnerman ...
-
Engqvist, Hanna, ...
-
Biermann, Jana
-
Truvé, Katarina
-
Nemes, Szilard, ...
-
visa fler...
-
Forssell-Aronsso ...
-
Solinas, Giovann ...
-
Kovács, Anikó
-
Karlsson, Per, 1 ...
-
Helou, Khalil, 1 ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
- Artiklar i publikationen
-
Oncotarget
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet