Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/277577" >
Detection of RNA-DN...
Detection of RNA-DNA binding sites in long noncoding RNAs.
-
Kuo, Chao-Chung (författare)
-
Hänzelmann, Sonja (författare)
-
Sentürk Cetin, Nevcin (författare)
-
visa fler...
-
Frank, Stefan (författare)
-
Zajzon, Barna (författare)
-
Derks, Jens-Peter (författare)
-
- Akhade, Vijay Suresh (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology
-
Ahuja, Gaurav (författare)
-
- Kanduri, Chandrasekhar, 1967 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology
-
Grummt, Ingrid (författare)
-
Kurian, Leo (författare)
-
Costa, Ivan G (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2019-01-30
- 2019
- Engelska.
-
Ingår i: Nucleic acids research. - : Oxford University Press (OUP). - 1362-4962 .- 0305-1048. ; 47:6
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Long non-coding RNAs (lncRNAs) can act as scaffolds that promote the interaction of proteins, RNA, and DNA. There is increasing evidence of sequence-specific interactions of lncRNAs with DNA via triple-helix (triplex) formation. This process allows lncRNAs to recruit protein complexes to specific genomic regions and regulate gene expression. Here we propose a computational method called Triplex Domain Finder (TDF) to detect triplexes and characterize DNA-binding domains and DNA targets statistically. Case studies showed that this approach can detect the known domains of lncRNAs Fendrr, HOTAIR and MEG3. Moreover, we validated a novel DNA-binding domain in MEG3 by a genome-wide sequencing method. We used TDF to perform a systematic analysis of the triplex-forming potential of lncRNAs relevant to human cardiac differentiation. We demonstrated that the lncRNA with the highest triplex-forming potential, GATA6-AS, forms triple helices in the promoter of genes relevant to cardiac development. Moreover, down-regulation of GATA6-AS impairs GATA6 expression and cardiac development. These data indicate the unique ability of our computational tool to identify novel triplex-forming lncRNAs and their target genes.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Kuo, Chao-Chung
-
Hänzelmann, Sonj ...
-
Sentürk Cetin, N ...
-
Frank, Stefan
-
Zajzon, Barna
-
Derks, Jens-Pete ...
-
visa fler...
-
Akhade, Vijay Su ...
-
Ahuja, Gaurav
-
Kanduri, Chandra ...
-
Grummt, Ingrid
-
Kurian, Leo
-
Costa, Ivan G
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Nucleic acids re ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet