Effects of the long-term storage of human fecal microbiota samples collected in RNAlater

Tap, J. (författare)

Cools-Portier, S. (författare)

Pavan, S. (författare)

Druesne, A. (författare)

Öhman, Lena, 1967 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för invärtesmedicin och klinisk nutrition,Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi,Institute of Medicine, Department of Internal Medicine and Clinical Nutrition,Institute of Biomedicine, Department of Microbiology and Immunology

Törnblom, Hans, 1966 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för invärtesmedicin och klinisk nutrition,Institute of Medicine, Department of Internal Medicine and Clinical Nutrition

Simrén, Magnus, 1966 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för invärtesmedicin och klinisk nutrition,Institute of Medicine, Department of Internal Medicine and Clinical Nutrition

Derrien, M. (författare)

(creator_code:org_t)

2019-01-24
2019
Engelska.
Ingår i: Scientific Reports. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2045-2322. ; 9

Relaterad länk:: https://www.nature.c...; visa fler...; https://gup.ub.gu.se...; https://doi.org/10.1...; visa färre...

Abstract Ämnesord

Stäng

The adequate storage of fecal samples from clinical trials is crucial if analyses are to be performed later and in long-term studies. However, it is unknown whether the composition of the microbiota is preserved during long-term stool storage (>1 year). We therefore evaluated the influence of long-term storage on the microbiota composition of human stool samples collected in RNAlater and stored for approximately five years at -80 degrees C. We compared storage effects on stool samples from 24 subjects with the effects of technical variation due to different sequencing runs and biological variation (intra-and inter-subject), in another 101 subjects, based on alpha-diversity, beta-diversity and taxonomic composition. We also evaluated the impact of initial alpha-diversity and fecal microbiota composition on beta-diversity instability upon storage. Overall, long-term stool storage at -80 degrees C had only limited effects on the microbiota composition of human feces. The magnitude of changes in alpha-and betadiversity and taxonomic composition after long-term storage was similar to inter-sequencing variation and smaller than biological variation (both intra- and inter-subject). The likelihood of fecal samples being affected by long-term storage correlated with the initial relative abundance of some genera and tend to be affected by initial taxonomic richness.

Av författaren/redakt...: Tap, J.; Cools-Portier, S ...; Pavan, S.; Druesne, A.; Öhman, Lena, 196 ...; Törnblom, Hans, ...; visa fler...; Simrén, Magnus, ...; Derrien, M.; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Gastroenterologi

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.