SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/285601"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/285601" > A validated single-...

LIBRIS Formathandbok  (Information om MARC21)
FältnamnIndikatorerMetadata
00009329naa a2200829 4500
001oai:gup.ub.gu.se/285601
003SwePub
008240528s2019 | |||||||||||000 ||eng|
009oai:prod.swepub.kib.ki.se:141458002
009oai:DiVA.org:liu-159568
0247 a https://gup.ub.gu.se/publication/2856012 URI
0247 a https://doi.org/10.1186/s13073-019-0657-32 DOI
0247 a http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:1414580022 URI
0247 a https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-1595682 URI
040 a (SwePub)gud (SwePub)kid (SwePub)liu
041 a eng
042 9 SwePub
072 7a ref2 swepub-contenttype
072 7a art2 swepub-publicationtype
1001 a Gawel, Danutau Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)danga10
2451 0a A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases
264 c 2019-07-30
264 1b Springer Science and Business Media LLC,c 2019
500 a Funding Agencies|Swedish Cancer Foundation [17 0542, 15 0532]; European Commission [305033]; Swedish Research Council [2015-02575, 2015-03495, 2015-03807]; Clinical Cancer Research, Jonkoping, Sweden; Torsten Soderberg Foundation; East Gothia Regional Funding
520 a Background: Genomic medicine has paved the way for identifying biomarkers and therapeutically actionable targets for complex diseases, but is complicated by the involvement of thousands of variably expressed genes across multiple cell types. Single-cell RNA-sequencing study (scRNA-seq) allows the characterization of such complex changes in whole organs. Methods: The study is based on applying network tools to organize and analyze scRNA-seq data from a mouse model of arthritis and human rheumatoid arthritis, in order to find diagnostic biomarkers and therapeutic targets. Diagnostic validation studies were performed using expression profiling data and potential protein biomarkers from prospective clinical studies of 13 diseases. A candidate drug was examined by a treatment study of a mouse model of arthritis, using phenotypic, immunohistochemical, and cellular analyses as read-outs. Results: We performed the first systematic analysis of pathways, potential biomarkers, and drug targets in scRNA-seq data from a complex disease, starting with inflamed joints and lymph nodes from a mouse model of arthritis. We found the involvement of hundreds of pathways, biomarkers, and drug targets that differed greatly between cell types. Analyses of scRNA-seq and GWAS data from human rheumatoid arthritis (RA) supported a similar dispersion of pathogenic mechanisms in different cell types. Thus, systems-level approaches to prioritize biomarkers and drugs are needed. Here, we present a prioritization strategy that is based on constructing network models of disease-associated cell types and interactions using scRNA-seq data from our mouse model of arthritis, as well as human RA, which we term multicellular disease models (MCDMs). We find that the network centrality of MCDM cell types correlates with the enrichment of genes harboring genetic variants associated with RA and thus could potentially be used to prioritize cell types and genes for diagnostics and therapeutics. We validated this hypothesis in a large-scale study of patients with 13 different autoimmune, allergic, infectious, malignant, endocrine, metabolic, and cardiovascular diseases, as well as a therapeutic study of the mouse arthritis model. Conclusions: Overall, our results support that our strategy has the potential to help prioritize diagnostic and therapeutic targets in human disease.
650 7a MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAPx Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaperx Medicinsk genetik0 (SwePub)301072 hsv//swe
650 7a MEDICAL AND HEALTH SCIENCESx Basic Medicinex Medical Genetics0 (SwePub)301072 hsv//eng
653 a Biomarker and drug discovery
653 a Network tools
653 a scRNA-seq
653 a Network tools; scRNA-seq; Biomarker and drug discovery
7001 a Serra-Musach, Jordiu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)jorse51
7001 a Lilja, Sandrau Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)sanli71
7001 a Aagesen, Jesperu Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut
7001 a Arenas, Alexu Karolinska Institutet,Univ Rovira and Virgili, Spain4 aut
7001 a Asking, Bengtu Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut
7001 a Bengnér, Malinu Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut
7001 a Björkander, Janneu Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut
7001 a Biggs, Sophieu Linköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)sopbi13
7001 a Ernerudh, Janu Linköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk immunologi och transfusionsmedicin4 aut0 (Swepub:liu)janer15
7001 a Hjortswang, Henriku Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Region Östergötland, Magtarmmedicinska kliniken4 aut0 (Swepub:liu)henhj44
7001 a Karlsson, Jan-Eriku Linköpings universitet,Avdelningen för kardiovaskulär medicin,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut0 (Swepub:liu)janka97
7001 a Köpsén, Mattiasu Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)n/a
7001 a Jung Lee, Eun Jungu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Yonsei Univ, South Korea4 aut0 (Swepub:liu)eunle80
7001 a Lentini, Antoniou Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)antle32
7001 a Li, Xinxiuu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)xinli70
7001 a Magnusson, Mattiasu Linköpings universitet,Karolinska Institutet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)matma88
7001 a Martinez, Davidu Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)davma27
7001 a Matussek, Andreasu Reg Jonkoping Cty, Sweden; Karolinska Inst, Sweden; Karolinska Univ Hosp, Sweden4 aut
7001 a Nestor, Colmu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)colne37
7001 a Schäfer, Samuelu Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa4 aut0 (Swepub:liu)samsc76
7001 a Seifert, Oliveru Linköpings universitet,Avdelningen för cellbiologi,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut0 (Swepub:liu)olise96
7001 a Sonmez, Ceylanu Linköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)ceyso17
7001 a Stjernman, Henriku Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut
7001 a Tjärnberg, Andreasu Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)andtj33
7001 a Wu, Simonu Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)n/a
7001 a Åkesson, Karinu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden4 aut0 (Swepub:liu)karak14
7001 a Shalek, Alex K.u MIT, MA 02139 USA; Broad Inst MIT and Harvard, MA 02142 USA; Ragon Inst MGH MIT and Harvard, MA USA4 aut
7001 a Stenmarker, Margaretha,d 1960u Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för pediatrik,Institute of Clinical Sciences, Department of Pediatrics,Reg Jonkoping Cty, Sweden; Inst Clin Sci, Sweden4 aut0 (Swepub:gu)xstemp
7001 a Zhang, Huanu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)huazh47
7001 a Gustafsson, Mikau Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten4 aut0 (Swepub:liu)mikgu75
7001 a Benson, Mikaelu Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus4 aut0 (Swepub:liu)mikbe05
7102 a Linköpings universitetb Avdelningen för barns och kvinnors hälsa4 org
7730 t Genome Medicined : Springer Science and Business Media LLCg 11q 11x 1756-994X
8564 u https://genomemedicine.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13073-019-0657-3
8564 u https://doi.org/10.1186/s13073-019-0657-3y Fulltext
8564 u http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-165944y Link to correction
8564 u https://liu.diva-portal.org/smash/get/diva2:1342460/FULLTEXT01.pdfx primaryx Raw objecty fulltext:print
8564 8u https://gup.ub.gu.se/publication/285601
8564 8u https://doi.org/10.1186/s13073-019-0657-3
8564 8u http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:141458002
8564 8u https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-159568

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy