Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/294086" >
Cultivation-Free Ty...
Cultivation-Free Typing of Bacteria Using Optical DNA Mapping
-
- Müller, Vilhelm, 1990 (författare)
- Chalmers University of Technology,Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, S-41296 Gothenburg, Sweden.
-
- Nyblom, My, 1995 (författare)
- Chalmers University of Technology,Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, S-41296 Gothenburg, Sweden.
-
- Johnning, Anna, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Department of Mathematical Sciences,Centre for antibiotic resistance research, CARe,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Stiftelsen Fraunhofer-Chalmers Centrum för Industrimatematik (FCC),Fraunhofer-Chalmers Research Centre for Industrial Mathematics (FCC),Chalmers Univ Technol, Dept Math Sci, S-41296 Gothenburg, Sweden.;Univ Gothenburg, S-41296 Gothenburg, Sweden.;Fraunhofer Chalmers Ctr, Syst & Data Anal, S-41288 Gothenburg, Sweden.;Univ Gothenburg, Ctr Antibiot Resistance Res, CARe, S-40530 Gothenburg, Sweden.
-
visa fler...
-
- Wrande, Marie (författare)
- Uppsala universitet,Uppsala University,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Dvirnas, Albertas (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science,Lund Univ, Dept Astron & Theoret Phys, S-22362 Lund, Sweden.
-
- Kesarimangalam, Sriram, 1983 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, S-41296 Gothenburg, Sweden.
-
- Giske, C. G. (författare)
- Karolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital,Karolinska Inst, Dept Lab Med, S-14186 Stockholm, Sweden.;Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Microbiol, S-17176 Stockholm, Sweden.
-
- Ambjörnsson, Tobias, 1974 (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Beräkningsbiologi och biologisk fysik - Har omorganiserats,Institutionen för astronomi och teoretisk fysik - Har omorganiserats,Naturvetenskapliga fakulteten,Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised,Department of Astronomy and Theoretical Physics - Has been reorganised,Faculty of Science,Lund Univ, Dept Astron & Theoret Phys, S-22362 Lund, Sweden.
-
- Sandegren, Linus (författare)
- Uppsala universitet,Uppsala University,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Kristiansson, Erik, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institutionen för matematiska vetenskaper,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Department of Mathematical Sciences,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg,Chalmers Univ Technol, Dept Math Sci, S-41296 Gothenburg, Sweden.;Univ Gothenburg, Ctr Antibiot Resistance Res, CARe, S-40530 Gothenburg, Sweden.
-
- Westerlund, Fredrik, 1978 (författare)
- Chalmers University of Technology,Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, S-41296 Gothenburg, Sweden.
-
- Kk, Sriram (författare)
- Chalmers University of Technology
-
visa färre...
-
Chalmers University of Technology Chalmers Univ Technol, Dept Biol & Biol Engn, S-41296 Gothenburg, Sweden (creator_code:org_t)
- 2020-04-15
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Acs Infectious Diseases. - : American Chemical Society (ACS). - 2373-8227. ; 6:5, s. 1076-1084
- Relaterad länk:
-
https://pubs.acs.org...
-
visa fler...
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
http://dx.doi.org/10...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://research.cha...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
http://kipublication...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- A variety of pathogenic bacteria can infect humans, and rapid species identification is crucial for the correct treatment. However, the identification process can often be time-consuming and depend on the cultivation of the bacterial pathogen(s). Here, we present a stand-alone, enzyme-free, optical DNA mapping assay capable of species identification by matching the intensity profiles of large DNA molecules to a database of fully assembled bacterial genomes (>10 000). The assay includes a new data analysis strategy as well as a general DNA extraction protocol for both Gram-negative and Gram-positive bacteria. We demonstrate that the assay is capable of identifying bacteria directly from uncultured clinical urine samples, as well as in mixtures, with the potential to be discriminative even at the subspecies level. We foresee that the assay has applications both within research laboratories and in clinical settings, where the time-consuming step of cultivation can be minimized or even completely avoided.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Infektionsmedicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Infectious Medicine (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biofysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biophysics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Fysik -- Annan fysik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Other Physics Topics (hsv//eng)
Nyckelord
- nanofluidics
- optical DNA mapping
- diagnostics
- bacteria
- UTI
- molecules
- diagnosis
- sequence
- strains
- binding
- Pharmacology & Pharmacy
- Infectious Diseases
- diagnostics
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Müller, Vilhelm, ...
-
Nyblom, My, 1995
-
Johnning, Anna, ...
-
Wrande, Marie
-
Dvirnas, Alberta ...
-
Kesarimangalam, ...
-
visa fler...
-
Giske, C. G.
-
Ambjörnsson, Tob ...
-
Sandegren, Linus
-
Kristiansson, Er ...
-
Westerlund, Fred ...
-
Kk, Sriram
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Infektionsmedici ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biofysik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Fysik
-
och Annan fysik
- Artiklar i publikationen
-
Acs Infectious D ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Lunds universitet
-
Karolinska Institutet
-
Uppsala universitet