Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/305571" >
Comparison of RNA- ...
Comparison of RNA- and DNA-based methods for measurable residual disease analysis in NPM1-mutated acute myeloid leukemia
-
- Pettersson, Louise (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital,Halmstad County Hospital
-
- Alm, Sofie J., 1988 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska University Hospital
-
- Almstedt, A. (författare)
- SciLife Clinical Genomics Gothenburg
-
visa fler...
-
- Chen, Yilun (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Translational Oncogenomics,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Transl onkogenomik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Transl oncogenomics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine
-
- Orrsjo, G. (författare)
- Sahlgrenska University Hospital
-
- Shah-Barkhordar, G. (författare)
- Sahlgrenska University Hospital
-
- Zhou, Li (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Klinisk patologi, Malmö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Clinical pathology, Malmö,Lund University Research Groups,Region Skåne
-
- Kotarsky, Heike (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Klinisk patologi, Malmö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Clinical pathology, Malmö,Lund University Research Groups,Region Skåne
-
- Vidovic, Karina (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital
-
- Asp, Julia, 1973 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska University Hospital
-
- Lazarevic, Vladimir (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Stamcellscentrum (SCC),Avdelningen för stamcellsforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Stem Cell Center,Division of stem cell research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine
-
- Saal, Lao H. (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Translational Oncogenomics,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Transl onkogenomik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Transl oncogenomics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital
-
- Fogelstrand, Linda, 1974 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska University Hospital
-
- Ehinger, Mats (författare)
- Lund University,Lunds universitet,Klinisk patologi, Malmö,Forskargrupper vid Lunds universitet,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Clinical pathology, Malmö,Lund University Research Groups,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital,Region Skåne
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-05-30
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: International Journal of Laboratory Hematology. - : Wiley. - 1751-5521 .- 1751-553X. ; 43:4, s. 664-674
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
http://dx.doi.org/10... (free)
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://lup.lub.lu.s...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Introduction: Reverse transcriptase quantitative PCR (RT-qPCR) is considered the method of choice for measurable residual disease (MRD) assessment in NPM1-mutated acute myeloid leukemia (AML). MRD can also be determined with DNA-based methods offering certain advantages. We here compared the DNA-based methods quantitative PCR (qPCR), droplet digital PCR (ddPCR), and targeted deep sequencing (deep seq) with RT-qPCR. Methods: Of 110 follow-up samples from 30 patients with NPM1-mutated AML were analyzed by qPCR, ddPCR, deep seq, and RT-qPCR. To select DNA MRD cutoffs for bone marrow, we performed receiver operating characteristic analyses for each DNA method using prognostically relevant RT-qPCR cutoffs. Results: The DNA-based methods showed strong intermethod correlation, but were less sensitive than RT-qPCR. A bone marrow cutoff at 0.1% leukemic DNA for qPCR or 0.05% variant allele frequency for ddPCR and deep seq offered optimal sensitivity and specificity with respect to 3 log(10) reduction of NPM1 transcripts and/or 2% mutant NPM1/ABL. With these cutoffs, MRD results agreed in 95% (191/201) of the analyses. Although more sensitive, RT-qPCR failed to detect leukemic signals in 10% of samples with detectable leukemic DNA. Conclusion: DNA-based MRD techniques may complement RT-qPCR for assessment of residual leukemia. DNA-based methods offer high positive and negative predictive values with respect to residual leukemic NPM1 transcripts at levels of importance for response to treatment. However, moving to DNA-based MRD methods will miss a proportion of patients with residual leukemic RNA, but on the other hand some MRD samples with detectable leukemic DNA can be devoid of measurable leukemic RNA.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Hematologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Hematology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Nyckelord
- measurable residual disease
- NPM1
- RT-qPCR
- qPCR
- digital PCR
- deep
- sequencing
- polymerase-chain-reaction
- nucleophosmin npm1
- quantitative assessment
- prognostic impact
- runx1-runx1t1
- mutations
- relapse
- risk
- Hematology
- deep sequencing
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Pettersson, Loui ...
-
Alm, Sofie J., 1 ...
-
Almstedt, A.
-
Chen, Yilun
-
Orrsjo, G.
-
Shah-Barkhordar, ...
-
visa fler...
-
Zhou, Li
-
Kotarsky, Heike
-
Vidovic, Karina
-
Asp, Julia, 1973
-
Lazarevic, Vladi ...
-
Saal, Lao H.
-
Fogelstrand, Lin ...
-
Ehinger, Mats
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Hematologi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
International Jo ...
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Lunds universitet