Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/307426" >
The Cardamine enshi...
The Cardamine enshiensis genome reveals whole genome duplication and insight into selenium hyperaccumulation and tolerance
-
Huang, C. Y. (författare)
-
Ying, H. Q. (författare)
-
Yang, X. B. A. (författare)
-
visa fler...
-
Gao, Y. (författare)
-
Li, T. (författare)
-
Wu, B. (författare)
-
Ren, M. (författare)
-
Zhang, Z. X. (författare)
-
Ding, J. (författare)
-
- Gao, Yuan (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology
-
Wen, D. (författare)
-
Ye, X. Z. (författare)
-
Liu, L. (författare)
-
Wang, H. (författare)
-
Sun, G. G. (författare)
-
Zou, Y. (författare)
-
Chen, N. S. (författare)
-
Wang, L. (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2021-08-10
- 2021
- Engelska.
-
Ingår i: Cell Discovery. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2056-5968. ; 7:1
- Relaterad länk:
-
https://www.nature.c...
-
visa fler...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Cardamine enshiensis is a well-known selenium (Se)-hyperaccumulating plant. Se is an essential trace element associated with many health benefits. Despite its critical importance, genomic information of this species is limited. Here, we report a chromosome-level genome assembly of C. enshiensis, which consists of 443.4 Mb in 16 chromosomes with a scaffold N50 of 24 Mb. To elucidate the mechanism of Se tolerance and hyperaccumulation in C. enshiensis, we generated and analyzed a dataset encompassing genomes, transcriptomes, and metabolomes. The results reveal that flavonoid, glutathione, and lignin biosynthetic pathways may play important roles in protecting C. enshiensis from stress induced by Se. Hi-C analysis of chromatin interaction patterns showed that the chromatin of C. enshiensis is partitioned into A and B compartments, and strong interactions between the two telomeres of each chromosome were correlated with histone modifications, epigenetic markers, DNA methylation, and RNA abundance. Se supplementation could affect the 3D chromatin architecture of C. enshiensis at the compartment level. Genes with compartment changes after Se treatment were involved in selenocompound metabolism, and genes in regions with topologically associated domain insulation participated in cellular responses to Se, Se binding, and flavonoid biosynthesis. This multiomics research provides molecular insight into the mechanism underlying Se tolerance and hyperaccumulation in C. enshiensis.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- 3d chromatin architecture
- heavy-metal tolerance
- cadmium accumulation
- sequence alignment
- cell-wall
- annotation
- identification
- visualization
- principles
- volatilization
- Cell Biology
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Huang, C. Y.
-
Ying, H. Q.
-
Yang, X. B. A.
-
Gao, Y.
-
Li, T.
-
Wu, B.
-
visa fler...
-
Ren, M.
-
Zhang, Z. X.
-
Ding, J.
-
Gao, Yuan
-
Wen, D.
-
Ye, X. Z.
-
Liu, L.
-
Wang, H.
-
Sun, G. G.
-
Zou, Y.
-
Chen, N. S.
-
Wang, L.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Cell Discovery
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet