Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:1528ef2d-baeb-49f9-9abb-017ef2455760" >
Alternative splicin...
-
Lopez-Perolio, IreneHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
Alternative splicing and ACMG-AMP-2015-based classification of PALB2 genetic variants : An ENIGMA report
- Artikel/kapitelEngelska2019
Förlag, utgivningsår, omfång ...
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:1528ef2d-baeb-49f9-9abb-017ef2455760
-
https://lup.lub.lu.se/record/1528ef2d-baeb-49f9-9abb-017ef2455760URI
-
https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2018-105834DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Background: PALB2 monoallelic loss-of-function germ-line variants confer a breast cancer risk comparable to the average BRCA2 pathogenic variant. Recommendations for risk reduction strategies in carriers are similar. Elaborating robust criteria to identify loss-of-function variants in PALB2 - without incurring overprediction - is thus of paramount clinical relevance. Towards this aim, we have performed a comprehensive characterisation of alternative splicing in PALB2, analysing its relevance for the classification of truncating and splice site variants according to the 2015 American College of Medical Genetics and Genomics-Association for Molecular Pathology guidelines. Methods: Alternative splicing was characterised in RNAs extracted from blood, breast and fimbriae/ovary-related human specimens (n=112). RNAseq, RT-PCR/CE and CloneSeq experiments were performed by five contributing laboratories. Centralised revision/curation was performed to assure high-quality annotations. Additional splicing analyses were performed in PALB2 c.212-1G>A, c.1684+1G>A, c.2748+2T>G, c.3113+5G>A, c.3350+1G>A, c.3350+4A>C and c.3350+5G>A carriers. The impact of the findings on PVS1 status was evaluated for truncating and splice site variant. Results: We identified 88 naturally occurring alternative splicing events (81 newly described), including 4 in-frame events predicted relevant to evaluate PVS1 status of splice site variants. We did not identify tissue-specific alternate gene transcripts in breast or ovarian-related samples, supporting the clinical relevance of blood-based splicing studies. Conclusions: PVS1 is not necessarily warranted for splice site variants targeting four PALB2 acceptor sites (exons 2, 5, 7 and 10). As a result, rare variants at these splice sites cannot be assumed pathogenic/likely pathogenic without further evidences. Our study puts a warning in up to five PALB2 genetic variants that are currently reported as pathogenic/likely pathogenic in ClinVar.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Leman, RaphaëlCentre François Baclesse
(författare)
-
Behar, RaquelHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Lattimore, VanessaUniversity of Otago
(författare)
-
Pearson, John F.University of Otago
(författare)
-
Castéra, LaurentCentre François Baclesse
(författare)
-
Martins, AlexandraUniversity of Rouen
(författare)
-
Vaur, DominiqueCentre François Baclesse
(författare)
-
Goardon, NicolasCentre François Baclesse
(författare)
-
Davy, GrégoireCentre François Baclesse
(författare)
-
Garre, PilarHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
García-Barberán, VanesaHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Llovet, Patricia
(författare)
-
Pérez-Segura, PedroHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Díaz-Rubio, EduardoHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Caldés, TrinidadHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Hruska, Kathleen S.
(författare)
-
Hsuan, Vickie
(författare)
-
Wu, Sitao
(författare)
-
Pesaran, Tina
(författare)
-
Karam, Rachid
(författare)
-
Vallon-Christersson, JohanLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jvc
(författare)
-
Borg, AkeSkåne University Hospital(Swepub:lu)onk-abo
(författare)
-
Investigators, KconfabUniversity of Melbourne,Peter MacCallum Cancer Centre
(författare)
-
Valenzuela-Palomo, Alberto
(författare)
-
Velasco, Eladio Andrés
(författare)
-
Southey, MelissaUniversity of Melbourne
(författare)
-
Vreeswijk, Maaike P.G.Leiden University Medical Centre
(författare)
-
Devilee, PeterLeiden University Medical Centre
(författare)
-
Kvist, AndersLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)ekol-akv
(författare)
-
Spurdle, Amanda B.QIMR Berghofer Medical Research Institute
(författare)
-
Walker, Logan C.University of Otago
(författare)
-
Krieger, SophieCentre François Baclesse
(författare)
-
De La Hoya, MiguelHospital Clinico San Carlos de Madrid
(författare)
-
Hospital Clinico San Carlos de MadridCentre François Baclesse
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Journal of Medical Genetics: BMJ56:7, s. 453-4600022-25931468-6244
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lopez-Perolio, I ...
-
Leman, Raphaël
-
Behar, Raquel
-
Lattimore, Vanes ...
-
Pearson, John F.
-
Castéra, Laurent
-
visa fler...
-
Martins, Alexand ...
-
Vaur, Dominique
-
Goardon, Nicolas
-
Davy, Grégoire
-
Garre, Pilar
-
García-Barberán, ...
-
Llovet, Patricia
-
Pérez-Segura, Pe ...
-
Díaz-Rubio, Edua ...
-
Caldés, Trinidad
-
Hruska, Kathleen ...
-
Hsuan, Vickie
-
Wu, Sitao
-
Pesaran, Tina
-
Karam, Rachid
-
Vallon-Christers ...
-
Borg, Ake
-
Investigators, K ...
-
Valenzuela-Palom ...
-
Velasco, Eladio ...
-
Southey, Melissa
-
Vreeswijk, Maaik ...
-
Devilee, Peter
-
Kvist, Anders
-
Spurdle, Amanda ...
-
Walker, Logan C.
-
Krieger, Sophie
-
De La Hoya, Migu ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Medic ...
- Av lärosätet
-
Lunds universitet