Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:1707e5e8-3681-4994-ab58-bc512e1738af" >
The landscape of vi...
-
Zapatka, MarcGerman Cancer Research Centre
(författare)
The landscape of viral associations in human cancers
- Artikel/kapitelEngelska2020
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2020-02-05
-
Springer Science and Business Media LLC,2020
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:1707e5e8-3681-4994-ab58-bc512e1738af
-
https://lup.lub.lu.se/record/1707e5e8-3681-4994-ab58-bc512e1738afURI
-
https://doi.org/10.1038/s41588-019-0558-9DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:142904541URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, for which whole-genome and-for a subset-whole-transcriptome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types was aggregated, we systematically investigated potential viral pathogens using a consensus approach that integrated three independent pipelines. Viruses were detected in 382 genome and 68 transcriptome datasets. We found a high prevalence of known tumor-associated viruses such as Epstein-Barr virus (EBV), hepatitis B virus (HBV) and human papilloma virus (HPV; for example, HPV16 or HPV18). The study revealed significant exclusivity of HPV and driver mutations in head-and-neck cancer and the association of HPV with APOBEC mutational signatures, which suggests that impaired antiviral defense is a driving force in cervical, bladder and head-and-neck carcinoma. For HBV, HPV16, HPV18 and adeno-associated virus-2 (AAV2), viral integration was associated with local variations in genomic copy numbers. Integrations at the TERT promoter were associated with high telomerase expression evidently activating this tumor-driving process. High levels of endogenous retrovirus (ERV1) expression were linked to a worse survival outcome in patients with kidney cancer.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Borozan, IvanOntario Institute for Cancer Research
(författare)
-
Brewer, Daniel SUniversity of East Anglia
(författare)
-
Iskar, MuratGerman Cancer Research Centre
(författare)
-
Grundhoff, AdamHeinrich Pette Institut
(författare)
-
Alawi, MalikHeinrich Pette Institut
(författare)
-
Desai, NikitaUniversity College London Hospital
(författare)
-
Sültmann, HolgerNational Centre of Tumor Diseases,German Cancer Research Centre
(författare)
-
Moch, HolgerUniversity Hospital of Zurich
(författare)
-
Cooper, Colin SEarlham Institute
(författare)
-
Eils, RolandGerman Cancer Research Centre
(författare)
-
Ferretti, VincentOntario Institute for Cancer Research
(författare)
-
Lichter, PeterGerman Cancer Research Centre
(författare)
-
Borg, ÅkeLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments(Swepub:lu)onk-abo
(creator_code:cre_t)
-
Ringnér, MarkusLund University,Lunds universitet,Molekylär cellbiologi,Biologiska institutionen,Naturvetenskapliga fakulteten,Molecular Cell Biology,Department of Biology,Faculty of Science(Swepub:lu)thep-mri
(creator_code:cre_t)
-
Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,Avdelningen för translationell cancerforskning,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Division of Translational Cancer Research,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund(Swepub:lu)onk-jst
(creator_code:cre_t)
-
German Cancer Research CentreOntario Institute for Cancer Research
(creator_code:org_t)
-
PCAWG Pathogens
-
PCAWG Consortium
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature Genetics: Springer Science and Business Media LLC52:3, s. 320-3301546-17181061-4036
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Zapatka, Marc
-
Borozan, Ivan
-
Brewer, Daniel S
-
Iskar, Murat
-
Grundhoff, Adam
-
Alawi, Malik
-
visa fler...
-
Desai, Nikita
-
Sültmann, Holger
-
Moch, Holger
-
Cooper, Colin S
-
Eils, Roland
-
Ferretti, Vincen ...
-
Lichter, Peter
-
Borg, Åke
-
Ringnér, Markus
-
Staaf, Johan
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Genetics
- Av lärosätet
-
Lunds universitet
-
Karolinska Institutet