SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85b"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85b" > Proteogenomics of n...

  • Lehtiö, JanneKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)

Proteogenomics of non-small cell lung cancer reveals molecular subtypes associated with specific therapeutic targets and immune-evasion mechanisms

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-11-22
  • Springer Science and Business Media LLC,2021
  • 19 s.

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85b
  • https://lup.lub.lu.se/record/23c121b6-9125-4cb3-b5a2-e8aeb852a85bURI
  • https://doi.org/10.1038/s43018-021-00259-9DOI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:148601243URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • Despite major advancements in lung cancer treatment, long-term survival is still rare and a deeper understanding of molecular phenotypes would allow the identification of specific cancer dependencies and immune-evasion mechanisms. Here we performed in-depth mass-spectrometry-based proteogenomic analysis of 141 tumors representing all major histologies of non-small cell lung cancer (NSCLC). We identified six distinct proteome subtypes with striking differences in immune cell composition and subtype-specific expression of immune checkpoints. Unexpectedly, high neoantigen burden was linked to global hypomethylation and complex neoantigens mapped to genomic regions, such as endogenous retroviral elements and introns, in immune-cold subtypes. Further, we linked immune evasion with LAG-3 via STK11 mutation-dependent HNF1A activation and FGL1 expression. Finally, we develop a data-independent acquisition mass-spectrometry-based NSCLC subtype classification method, validate it in an independent cohort of 208 NSCLC cases and demonstrate its clinical utility by analyzing an additional cohort of 84 late-stage NSCLC biopsy samples.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Arslan, TanerKarolinska Institute (författare)
  • Siavelis, IoannisKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Pan, YanboKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Socciarelli, FabioKarolinska Institute (författare)
  • Berkovska, OlenaKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Umer, Husen M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Mermelekas, GeorgiosKarolinska Institute (författare)
  • Pirmoradian, MohammadKarolinska Institute (författare)
  • Jönsson, MatsLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)medk-mjo (författare)
  • Brunnström, HansLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Patologi, Lund,Sektion V,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Pathology, Lund,Section V,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Region Skåne(Swepub:lu)med-hsb (författare)
  • Brustugun, Odd TerjeOslo university hospital,Vestre Viken Health Trust (författare)
  • Purohit, Krishna PingankshaUniversity of Edinburgh (författare)
  • Cunningham, RichardUniversity of Edinburgh (författare)
  • Foroughi Asl, HassanKarolinska Institutet,Karolinska Institute,Karolinska University Hospital (författare)
  • Isaksson, SofiLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-sfi (författare)
  • Arbajian, ElsaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-eab (författare)
  • Aine, MattiasLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-mai (författare)
  • Karlsson, AnnaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-akn (författare)
  • Kotevska, MarijaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)ma2152ko (författare)
  • Gram Hansen, CarstenUniversity of Edinburgh (författare)
  • Drageset Haakensen, VildeOslo university hospital (författare)
  • Helland, ÅslaugUniversity of Oslo,Oslo university hospital (författare)
  • Tamborero, DavidKarolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Johansson, Henrik J.Karolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Branca, Rui M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Planck, MariaLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Skåne University Hospital(Swepub:lu)onk-mpl (författare)
  • Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,LUCC: Lunds universitets cancercentrum,Övriga starka forskningsmiljöer,Bröst/lungcancer,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,LUCC: Lund University Cancer Centre,Other Strong Research Environments,Breast/lungcancer,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jst (författare)
  • Orre, Lukas M.Karolinska Institutet,Karolinska Institute (författare)
  • Karolinska InstitutetKarolinska Institute (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Cancer: Springer Science and Business Media LLC2:11, s. 1224-12422662-1347

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy