onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:46718f0b-ede6-4164-bcbb-e6e1f886cf05"
Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:46718f0b-ede6-4164-bcbb-e6e1f886cf05" > Molecular design of...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Kozisek, Milan (författare)
Molecular design of specific metal-binding peptide sequences from protein fragments: Theory and experiment
- Artikel/kapitelEngelska2008
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- Wiley,2008
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:46718f0b-ede6-4164-bcbb-e6e1f886cf05
- https://lup.lub.lu.se/record/1286788URI
- https://doi.org/10.1002/chem.200800178DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- A novel strategy is presented for designing peptides with specific metal-ion chelation sites, based on linking computationally predicted ion-specific combinations of amino acid side chains coordinated at the vertices of the desired coordination polyhedron into a single polypeptide chain. With this aim, a series of computer programs have been written that 1) creates a structural combinatorial library containing Z(i)-(X)(n)-Z(j) sequences (n = 0-14; Z: amino acid that binds the metal through the side chain; X: any amino acid) from the existing protein structures in the non-redundant Protein Data Bank; 2) merges these fragments into a single Z(1)-(X)(n1)-Z(2)-(X)(n2)-Z(3)-(X)(n3)- ... -Z(j) polypeptide chain; and 3) automatically performs two simple molecular mechanics calculations that make it possible to estimate the internal strain in the newly designed peptide. The application of this procedure for the Most M2+-specific combinations of amino acid side chains (M: metal see L. Rulisek, Z. Havlas J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2376-2385) yielded several peptide sequences (with lengths of 6-20 amino acids) with the potential for specific binding with six metal ions (Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Cd2+ and Hg2+). The gas-phase association constants of the studied metal ions with these de novo designed peptides were experimentally determined by MALDI mass spectrometry by using 3,4,5-trihydroxyacetophenone as a matrix, whereas the thermodynamic parameters of the metal-ion coordination in the condensed phase were measured by isothermal titration calorimetry (ITC), chelatometry and NMR spectroscopy methods. The data indicate that some of the computationally predicted peptides are potential M2+-specific metalion chelators.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Kemi Fysikalisk kemi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Chemical Sciences Physical Chemistry hsv//eng
- peptides
- molecular design
- metal-ion chelation
- ab initic calculations
- mass spectrometry
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Svatos, Ales (författare)
- Budesinsky, Milos (författare)
- Muck, Alexander (författare)
- Bauer, MikaelLund University,Lunds universitet,Biofysikalisk kemi,Centrum för Molekylär Proteinvetenskap,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Biophysical Chemistry,Center for Molecular Protein Science,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)bpc-mlb (författare)
- Kotrba, Pavel (författare)
- Ruml, Tomas (författare)
- Havlas, Zdenek (författare)
- Linse, SaraLund University,Lunds universitet,Biofysikalisk kemi,Centrum för Molekylär Proteinvetenskap,Kemiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Biophysical Chemistry,Center for Molecular Protein Science,Department of Chemistry,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)fkm2-sli (författare)
- Rulisek, Lubomir (författare)
- Biofysikalisk kemiCentrum för Molekylär Proteinvetenskap (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Chemistry: A European Journal: Wiley14:26, s. 7836-78461521-37650947-6539
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Chemistry: A European Journal (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Kozisek, Milan
- Svatos, Ales
- Budesinsky, Milo ...
- Muck, Alexander
- Bauer, Mikael
- Kotrba, Pavel
- visa fler...
- Ruml, Tomas
- Havlas, Zdenek
- Linse, Sara
- Rulisek, Lubomir
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Kemi
- och Fysikalisk kemi
- Artiklar i publikationen
- Chemistry: A Eur ...
- Av lärosätet
- Lunds universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
