SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:4e4e1060-af63-4d40-ac78-1dc69f05ee99"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:4e4e1060-af63-4d40-ac78-1dc69f05ee99" > HRDetect is a predi...

  • Davies, Helen R.Wellcome Trust Sanger Institute (författare)

HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures

  • Artikel/kapitelEngelska2017

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2017-03-13
  • Springer Science and Business Media LLC,2017
  • 9 s.

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:4e4e1060-af63-4d40-ac78-1dc69f05ee99
  • https://lup.lub.lu.se/record/4e4e1060-af63-4d40-ac78-1dc69f05ee99URI
  • https://doi.org/10.1038/nm.4292DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • Approximately 1-5% of breast cancers are attributed to inherited mutations in BRCA1 or BRCA2 and are selectively sensitive to poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors. In other cancer types, germline and/or somatic mutations in BRCA1 and/or BRCA2 (BRCA1/BRCA2) also confer selective sensitivity to PARP inhibitors. Thus, assays to detect BRCA1/BRCA2-deficient tumors have been sought. Recently, somatic substitution, insertion/deletion and rearrangement patterns, or 'mutational signatures', were associated with BRCA1/BRCA2 dysfunction. Herein we used a lasso logistic regression model to identify six distinguishing mutational signatures predictive of BRCA1/BRCA2 deficiency. A weighted model called HRDetect was developed to accurately detect BRCA1/BRCA2-deficient samples. HRDetect identifies BRCA1/BRCA2-deficient tumors with 98.7% sensitivity (area under the curve (AUC) = 0.98). Application of this model in a cohort of 560 individuals with breast cancer, of whom 22 were known to carry a germline BRCA1 or BRCA2 mutation, allowed us to identify an additional 22 tumors with somatic loss of BRCA1 or BRCA2 and 47 tumors with functional BRCA1/BRCA2 deficiency where no mutation was detected. We validated HRDetect on independent cohorts of breast, ovarian and pancreatic cancers and demonstrated its efficacy in alternative sequencing strategies. Integrating all of the classes of mutational signatures thus reveals a larger proportion of individuals with breast cancer harboring BRCA1/BRCA2 deficiency (up to 22%) than hitherto appreciated (∼1-5%) who could have selective therapeutic sensitivity to PARP inhibition.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Glodzik, DominikWellcome Trust Sanger Institute(Swepub:lu)do5123gl (författare)
  • Morganella, SandroWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Yates, Lucy R.Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust (författare)
  • Staaf, JohanLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)onk-jst (författare)
  • Zou, XueqingWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Ramakrishna, ManasaAstraZeneca, UK (författare)
  • Martin, SanchaWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Boyault, SandrineCentre Léon Bérard (författare)
  • Sieuwerts, Anieta M.Erasmus University Rotterdam (författare)
  • Simpson, Peter TUniversity of Queensland (författare)
  • King, Tari AMemorial Sloan-Kettering Cancer Center (författare)
  • Raine, KeiranWellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Eyfjord, Jorunn E.University of Iceland (författare)
  • Kong, GuHanyang University (författare)
  • Borg, ÅkeLund University,Lunds universitet,Bröstcancer-genetik,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Familjär bröstcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Breastcancer-genetics,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Familial Breast Cancer,Lund University Research Groups(Swepub:lu)onk-abo (författare)
  • Birney, EwanEuropean Bioinformatics Institute (författare)
  • Stunnenberg, Hendrik G.Radboud University Nijmegen (författare)
  • van de Vijver, Marc JAcademic Medical Center of University of Amsterdam (AMC) (författare)
  • Børresen-Dale, Anne-LiseUniversity of Oslo (författare)
  • Martens, John W. M.Erasmus University Rotterdam (författare)
  • Span, Paul N.Radboud University Medical Center (författare)
  • Lakhani, Sunil R.Royal Brisbane and Women's Hospital (författare)
  • Vincent-Salomon, AnneCurie Institute, Paris (författare)
  • Sotiriou, ChristosUniversité Libre de Bruxelles (ULB) (författare)
  • Tutt, AndrewInstitute of Cancer Research London (författare)
  • Thompson, Alastair MUniversity of Texas (författare)
  • Van Laere, StevenHistoGeneX NV (författare)
  • Richardson, Andrea L.Dana-Farber Cancer Institute (författare)
  • Viari, AlainCentre Léon Bérard (författare)
  • Campbell, Peter J.Wellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Stratton, Michael R.Wellcome Trust Sanger Institute (författare)
  • Nik-Zainal, SerenaCambridge University Hospitals NHS Foundation Trust (författare)
  • Wellcome Trust Sanger InstituteGuy's and St Thomas' NHS Foundation Trust (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Medicine: Springer Science and Business Media LLC23:4, s. 517-5251546-170X1078-8956

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy