SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:7722000c-549f-4a1d-8a0c-b2eaae469303"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:7722000c-549f-4a1d-8a0c-b2eaae469303" > Isolation of high y...

Isolation of high yield and quality RNA from human precision-cut lung slices for RNA-sequencing and computational integration with larger patient cohorts

Stegmayr, John (författare)
Lund University,Lunds universitet,Lund University Bioimaging Center,Medicinska fakulteten,Lungbioengineering och regeneration,Forskargrupper vid Lunds universitet,WCMM- Wallenberg center för molekylär medicinsk forskning,Faculty of Medicine,Lung Bioengineering and Regeneration,Lund University Research Groups,WCMM-Wallenberg Centre for Molecular Medicine
Alsafadi, Hani N (författare)
Lund University,Lunds universitet,Lungbioengineering och regeneration,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lung Bioengineering and Regeneration,Lund University Research Groups
Langwinski, Wojciech (författare)
Lund University,Lunds universitet,Lungbioengineering och regeneration,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lung Bioengineering and Regeneration,Lund University Research Groups,Poznan University of Medical Sciences
visa fler...
Niroomand, Anna (författare)
Lund University,Lunds universitet,Thoraxkirurgi,Sektion II,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,WCMM- Wallenberg center för molekylär medicinsk forskning,Thoracic Surgery,Section II,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,WCMM-Wallenberg Centre for Molecular Medicine
Lindstedt, Sandra (författare)
Lund University,Lunds universitet,Thoraxkirurgi,Sektion II,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Klinisk och experimentell lungtransplantation,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lungbioengineering och regeneration,WCMM- Wallenberg center för molekylär medicinsk forskning,Thoracic Surgery,Section II,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Clinical and experimental lung transplantation,Lund University Research Groups,Lung Bioengineering and Regeneration,WCMM-Wallenberg Centre for Molecular Medicine
Leigh, Nicholas D (författare)
Lund University,Lunds universitet,Avdelningen för molekylärmedicin och genterapi,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,WCMM- Wallenberg center för molekylär medicinsk forskning,Regenerativ immunologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Division of Molecular Medicine and Gene Therapy,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine,WCMM-Wallenberg Centre for Molecular Medicine,Regenerative Immunology,Lund University Research Groups
Wagner, Darcy E (författare)
Lund University,Lunds universitet,Lungbioengineering och regeneration,Forskargrupper vid Lunds universitet,WCMM- Wallenberg center för molekylär medicinsk forskning,Medicinska fakulteten,Lung Bioengineering and Regeneration,Lund University Research Groups,WCMM-Wallenberg Centre for Molecular Medicine,Faculty of Medicine
visa färre...
 (creator_code:org_t)
American Physiological Society, 2021
2021
Engelska.
Ingår i: American Journal of Physiology: Lung Cellular and Molecular Physiology. - : American Physiological Society. - 1522-1504 .- 1040-0605. ; 320:2, s. 232-240
Relaterad länk:
http://dx.doi.org/10...
visa fler...
https://www.biorxiv....
https://lup.lub.lu.s...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Precision-cut lung slices (PCLS) have gained increasing interest as a model to study lung biology/disease and screening novel therapeutics. In particular, PCLS derived from human tissue can better recapitulate some aspects of lung biology/disease as compared to animal models. Several experimental readouts have been established for use with PCLS, but obtaining high yield and quality RNA for downstream analysis has remained challenging. This is particularly problematic for utilizing the power of next-generation sequencing techniques, such as RNA-sequencing (RNA-seq), for non-biased and high through-put analysis of PCLS human cohorts. In the current study, we present a novel approach for isolating high quality RNA from a small amount of tissue, including diseased human tissue, such as idiopathic pulmonary fibrosis (IPF). We show that the RNA isolated using this method has sufficient quality for RT-qPCR and RNA-seq analysis. Furthermore, the RNA-seq data from human PCLS could be used in several established computational pipelines, including deconvolution of bulk RNA-seq data using publicly available single-cell RNA-seq data. Deconvolution using Bisque revealed a diversity of cell populations in human PCLS, including several immune cell populations, which correlated with cell populations known to be present and aberrant in human disease.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Lungmedicin och allergi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Respiratory Medicine and Allergy (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

art (ämneskategori)
ref (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy