A PCR/restriction digestion assay for the detection of the transcript variants 1 and 2 of POU5F1.

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:d60ab95b-3fdf-4be3-aab5-1e8d25762b4c" > A PCR/restriction d...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Panagopoulos, IoannisLund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine (författare)

A PCR/restriction digestion assay for the detection of the transcript variants 1 and 2 of POU5F1.

Artikel/kapitelEngelska2008

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Wiley,2008

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:d60ab95b-3fdf-4be3-aab5-1e8d25762b4c
https://lup.lub.lu.se/record/1052543URI
https://doi.org/10.1002/gcc.20555DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

POU5F1 has two alternatively spliced transcripts: a long (variant 1, NM_002701) and a short (variant 2, NM_203289) transcript. Only variant 1 is a key regulator of pluripotency. Hence, it is important to be able to distinguish this transcript from variant 2 and from the many pseudogenes present in the genome. Previous studies on the expression of POU5F1 were, however, usually carried out without considering the existence of the two transcripts and the pseudogenes which could be the source of false positive RT-PCR amplification. Here, we establish an RT-PCR/restriction digestion analysis to distinguish variant 1 of POU5F1 from variant 2 and all its currently known pseudogenes. Variant 1 has ApaI and Tsp45I restriction sites, which are not present in the pseudogenes or in variant 2. Thus, ApaI- and Tsp45I- digestions of POU5F1 PCR fragment, amplified with primers flanking these sites, are sufficient to identify the true variant 1 of POU5F1. To study the expression of variant 2 of POU5F1, two forward primers in the 5'-region that are not present in variant 1 were combined with reverse primers located in exon 3 of POU5F1 common to both transcripts. The assay was applied on 10 samples from peripheral blood leukocytes and commercially available ready-cDNAs from leukocytes and testis. We found that only variant 2 was expressed in leukocytes and testis and that the extracted RNA was not completely DNA free, despite DNAse treatment. This trace amount of DNA is a source of false positive RT-PCR amplifications. This article contains Supplementary Material available at http://www.interscience.wiley.com/jpages/1045-2257/suppmat. (c) 2008 Wiley-Liss, Inc.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Möller, EmelyLund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-elm (författare)
Isaksson, MargarethLund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine(Swepub:lu)kgen-mis (författare)
Mertens, FredrikLund University,Lunds universitet,Avdelningen för klinisk genetik,Institutionen för laboratoriemedicin,Medicinska fakulteten,Division of Clinical Genetics,Department of Laboratory Medicine,Faculty of Medicine(Swepub:lu)kgen-fme (författare)
Avdelningen för klinisk genetikInstitutionen för laboratoriemedicin (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Genes, Chromosomes and Cancer: Wiley47, s. 521-5291045-22571098-2264

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Genes, Chromosomes and Cancer (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Panagopoulos, Io ...; Möller, Emely; Isaksson, Margar ...; Mertens, Fredrik

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: Genes, Chromosom ...

Av lärosätet: Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se