onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:120547811"
Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:120547811" > Multiplexed massive...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Jolma, AKarolinska Institutet (författare)
Multiplexed massively parallel SELEX for characterization of human transcription factor binding specificities
- Artikel/kapitelEngelska2010
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2010-04-08
- Cold Spring Harbor Laboratory,2010
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:120547811
- http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:120547811URI
- https://doi.org/10.1101/gr.100552.109DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- The genetic code—the binding specificity of all transfer-RNAs—defines how protein primary structure is determined by DNA sequence. DNA also dictates when and where proteins are expressed, and this information is encoded in a pattern of specific sequence motifs that are recognized by transcription factors. However, the DNA-binding specificity is only known for a small fraction of the ∼1400 human transcription factors (TFs). We describe here a high-throughput method for analyzing transcription factor binding specificity that is based on systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) and massively parallel sequencing. The method is optimized for analysis of large numbers of TFs in parallel through the use of affinity-tagged proteins, barcoded selection oligonucleotides, and multiplexed sequencing. Data are analyzed by a new bioinformatic platform that uses the hundreds of thousands of sequencing reads obtained to control the quality of the experiments and to generate binding motifs for the TFs. The described technology allows higher throughput and identification of much longer binding profiles than current microarray-based methods. In addition, as our method is based on proteins expressed in mammalian cells, it can also be used to characterize DNA-binding preferences of full-length proteins or proteins requiring post-translational modifications. We validate the method by determining binding specificities of 14 different classes of TFs and by confirming the specificities for NFATC1 and RFX3 using ChIP-seq. Our results reveal unexpected dimeric modes of binding for several factors that were thought to preferentially bind DNA as monomers.
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Kivioja, T (författare)
- Toivonen, J (författare)
- Cheng, L (författare)
- Wei, GH (författare)
- Enge, MKarolinska Institutet (författare)
- Taipale, M (författare)
- Vaquerizas, JM (författare)
- Yan, JKarolinska Institutet (författare)
- Sillanpaa, MJ (författare)
- Bonke, M (författare)
- Palin, K (författare)
- Talukder, S (författare)
- Hughes, TR (författare)
- Luscombe, NM (författare)
- Ukkonen, E (författare)
- Taipale, JKarolinska Institutet (författare)
- Karolinska Institutet (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Genome research: Cold Spring Harbor Laboratory20:6, s. 861-8731549-54691088-9051
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Jolma, A
- Kivioja, T
- Toivonen, J
- Cheng, L
- Wei, GH
- Enge, M
- visa fler...
- Taipale, M
- Vaquerizas, JM
- Yan, J
- Sillanpaa, MJ
- Bonke, M
- Palin, K
- Talukder, S
- Hughes, TR
- Luscombe, NM
- Ukkonen, E
- Taipale, J
- visa färre...
- Artiklar i publikationen
- Genome research
- Av lärosätet
- Karolinska Institutet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
