onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:137137322"
Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:137137322" > Monitoring transcri...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Lizio, M (författare)
Monitoring transcription initiation activities in rat and dog
- Artikel/kapitelEngelska2017
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2017-11-28
- Springer Science and Business Media LLC,2017
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:137137322
- http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:137137322URI
- https://doi.org/10.1038/sdata.2017.173DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- The promoter landscape of several non-human model organisms is far from complete. As a part of FANTOM5 data collection, we generated 13 profiles of transcription initiation activities in dog and rat aortic smooth muscle cells, mesenchymal stem cells and hepatocytes by employing CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) technology combined with single molecule sequencing. Our analyses show that the CAGE profiles recapitulate known transcription start sites (TSSs) consistently, in addition to uncover novel TSSs. Our dataset can be thus used with high confidence to support gene annotation in dog and rat species. We identified 28,497 and 23,147 CAGE peaks, or promoter regions, for rat and dog respectively, and associated them to known genes. This approach could be seen as a standard method for improvement of existing gene models, as well as discovery of novel genes. Given that the FANTOM5 data collection includes dog and rat matched cell types in human and mouse as well, this data would also be useful for cross-species studies.
Ämnesord och genrebeteckningar
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Medicinsk genetik hsv//swe
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Medical Genetics hsv//eng
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Mukarram, AKKarolinska Institutet (författare)
- Ohno, M (författare)
- Watanabe, S (författare)
- Itoh, M (författare)
- Hasegawa, A (författare)
- Lassmann, T (författare)
- Severin, J (författare)
- Harshbarger, J (författare)
- Abugessaisa, I (författare)
- Kasukawa, T (författare)
- Hon, CC (författare)
- Carninci, P (författare)
- Hayashizaki, Y (författare)
- Forrest, ARR (författare)
- Kawaji, H (författare)
- Karolinska Institutet (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Scientific data: Springer Science and Business Media LLC4, s. 170173-2052-4463
Internetlänk
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Lizio, M
- Mukarram, AK
- Ohno, M
- Watanabe, S
- Itoh, M
- Hasegawa, A
- visa fler...
- Lassmann, T
- Severin, J
- Harshbarger, J
- Abugessaisa, I
- Kasukawa, T
- Hon, CC
- Carninci, P
- Hayashizaki, Y
- Forrest, ARR
- Kawaji, H
- visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Medicinska och f ...
- och Medicinsk geneti ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Scientific data
- Av lärosätet
- Karolinska Institutet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
