Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:146743439" >
Genome-wide bioinfo...
-
Ferrarini, MG
(författare)
Genome-wide bioinformatic analyses predict key host and viral factors in SARS-CoV-2 pathogenesis
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2021-05-17
-
Springer Science and Business Media LLC,2021
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:146743439
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:146743439URI
-
https://doi.org/10.1038/s42003-021-02095-0DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
The novel betacoronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) caused a worldwide pandemic (COVID-19) after emerging in Wuhan, China. Here we analyzed public host and viral RNA sequencing data to better understand how SARS-CoV-2 interacts with human respiratory cells. We identified genes, isoforms and transposable element families that are specifically altered in SARS-CoV-2-infected respiratory cells. Well-known immunoregulatory genes including CSF2, IL32, IL-6 and SERPINA3 were differentially expressed, while immunoregulatory transposable element families were upregulated. We predicted conserved interactions between the SARS-CoV-2 genome and human RNA-binding proteins such as the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (hnRNPA1) and eukaryotic initiation factor 4 (eIF4b). We also identified a viral sequence variant with a statistically significant skew associated with age of infection, that may contribute to intracellular host–pathogen interactions. These findings can help identify host mechanisms that can be targeted by prophylactics and/or therapeutics to reduce the severity of COVID-19.
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Lal, A
(författare)
-
Rebollo, R
(författare)
-
Gruber, AJ
(författare)
-
Guarracino, A
(författare)
-
Gonzalez, IMKarolinska Institutet
(författare)
-
Floyd, T
(författare)
-
de Oliveira, DS
(författare)
-
Shanklin, J
(författare)
-
Beausoleil, E
(författare)
-
Pusa, T
(författare)
-
Pickett, BE
(författare)
-
Aguiar-Pulido, V
(författare)
-
Karolinska Institutet
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Communications biology: Springer Science and Business Media LLC4:1, s. 590-2399-3642
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Ferrarini, MG
-
Lal, A
-
Rebollo, R
-
Gruber, AJ
-
Guarracino, A
-
Gonzalez, IM
-
visa fler...
-
Floyd, T
-
de Oliveira, DS
-
Shanklin, J
-
Beausoleil, E
-
Pusa, T
-
Pickett, BE
-
Aguiar-Pulido, V
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Communications b ...
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet