Sökning: onr:"swepub:oai:prod.swepub.kib.ki.se:151016511" >
Proteogenomics refi...
Proteogenomics refines the molecular classification of chronic lymphocytic leukemia
- Artikel/kapitelEngelska2022
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2022-10-20
-
Springer Science and Business Media LLC,2022
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:151016511
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:151016511URI
-
https://doi.org/10.1038/s41467-022-33385-8DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Cancer heterogeneity at the proteome level may explain differences in therapy response and prognosis beyond the currently established genomic and transcriptomic-based diagnostics. The relevance of proteomics for disease classifications remains to be established in clinically heterogeneous cancer entities such as chronic lymphocytic leukemia (CLL). Here, we characterize the proteome and transcriptome alongside genetic and ex-vivo drug response profiling in a clinically annotated CLL discovery cohort (n = 68). Unsupervised clustering of the proteome data reveals six subgroups. Five of these proteomic groups are associated with genetic features, while one group is only detectable at the proteome level. This new group is characterized by accelerated disease progression, high spliceosomal protein abundances associated with aberrant splicing, and low B cell receptor signaling protein abundances (ASB-CLL). Classifiers developed to identify ASB-CLL based on its characteristic proteome or splicing signature in two independent cohorts (n = 165, n = 169) confirm that ASB-CLL comprises about 20% of CLL patients. The inferior overall survival in ASB-CLL is also independent of both TP53- and IGHV mutation status. Our multi-omics analysis refines the classification of CLL and highlights the potential of proteomics to improve cancer patient stratification beyond genetic and transcriptomic profiling.
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Vesterlund, MKarolinska Institutet
(författare)
-
Helmboldt, AJ
(författare)
-
Jafari, RKarolinska Institutet
(författare)
-
Siavelis, IKarolinska Institutet
(författare)
-
Stahl, M
(författare)
-
Schitter, EC
(författare)
-
Liebers, N
(författare)
-
Brinkmann, BJ
(författare)
-
Czernilofsky, F
(författare)
-
Roider, T
(författare)
-
Bruch, PM
(författare)
-
Iskar, M
(författare)
-
Kittai, A
(författare)
-
Huang, Y
(författare)
-
Lu, JY
(författare)
-
Richter, S
(författare)
-
Mermelekas, G
(författare)
-
Umer, HM
(författare)
-
Knoll, M
(författare)
-
Kolb, C
(författare)
-
Lenze, A
(författare)
-
Cao, XF
(författare)
-
Osterholm, CKarolinska Institutet
(författare)
-
Wahnschaffe, L
(författare)
-
Herling, C
(författare)
-
Scheinost, S
(författare)
-
Ganzinger, M
(författare)
-
Mansouri, LKarolinska Institutet
(författare)
-
Kriegsmann, K
(författare)
-
Kriegsmann, M
(författare)
-
Anders, S
(författare)
-
Zapatka, M
(författare)
-
Del Poeta, G
(författare)
-
Zucchetto, A
(författare)
-
Bomben, R
(författare)
-
Gattei, V
(författare)
-
Dreger, P
(författare)
-
Woyach, J
(författare)
-
Herling, M
(författare)
-
Muller-Tidow, C
(författare)
-
Rosenquist, RKarolinska Institutet
(författare)
-
Stilgenbauer, S
(författare)
-
Zenz, T
(författare)
-
Huber, W
(författare)
-
Tausch, E
(författare)
-
Lehtio, JKarolinska Institutet
(författare)
-
Dietrich, S
(författare)
-
Karolinska Institutet
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Nature communications: Springer Science and Business Media LLC13:1, s. 6226-2041-1723
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Herbst, SA
-
Vesterlund, M
-
Helmboldt, AJ
-
Jafari, R
-
Siavelis, I
-
Stahl, M
-
visa fler...
-
Schitter, EC
-
Liebers, N
-
Brinkmann, BJ
-
Czernilofsky, F
-
Roider, T
-
Bruch, PM
-
Iskar, M
-
Kittai, A
-
Huang, Y
-
Lu, JY
-
Richter, S
-
Mermelekas, G
-
Umer, HM
-
Knoll, M
-
Kolb, C
-
Lenze, A
-
Cao, XF
-
Osterholm, C
-
Wahnschaffe, L
-
Herling, C
-
Scheinost, S
-
Ganzinger, M
-
Mansouri, L
-
Kriegsmann, K
-
Kriegsmann, M
-
Anders, S
-
Zapatka, M
-
Del Poeta, G
-
Zucchetto, A
-
Bomben, R
-
Gattei, V
-
Dreger, P
-
Woyach, J
-
Herling, M
-
Muller-Tidow, C
-
Rosenquist, R
-
Stilgenbauer, S
-
Zenz, T
-
Huber, W
-
Tausch, E
-
Lehtio, J
-
Dietrich, S
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Nature communica ...
- Av lärosätet
-
Karolinska Institutet