Sökning: onr:"swepub:oai:research.chalmers.se:46d98c29-0bc7-4cca-9069-1a2f7f573b07" >
A comprehensive, au...
A comprehensive, automatically updated fungal ITS sequence dataset for reference-based chimera control in environmental sequencing efforts
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
- Tedersoo, Leho (författare)
- Tartu Ülikool,University of Tartu
-
- Ryberg, Martin, 1976 (författare)
- Uppsala universitet,Systematisk biologi
-
visa fler...
-
- Kristiansson, Erik, 1978 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics
-
- Hartmann, Martin (författare)
- Eidgenossische Forschungsanstalt fur Wald, Schnee Und Landschaft Eth-Bereichs
-
- Unterseher, Martin (författare)
- Universität Greifswald,University of Greifswald
-
- Porter, Teresita M. (författare)
- McMaster University
-
- Bengtsson-Palme, Johan, 1985 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine
-
- Walker, Donald M. (författare)
- University of Findlay
-
- Sousa, Filipe de, 1982 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
- Gamper, Hannes Andres (författare)
- Eidgenössische Technische Hochschule Zürich (ETH),Swiss Federal Institute of Technology in Zürich (ETH)
-
- Larsson, Ellen, 1961 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Larsson, Karl-Henrik, 1948 (författare)
-
- Kõljalg, Urmas (författare)
- Tartu Ülikool,University of Tartu
-
Edgar, Robert C. (författare)
-
- Abarenkov, Kessy (författare)
- Tartu Ülikool,University of Tartu
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2015
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Microbes and Environments. - 1342-6311 .- 1347-4405. ; 30:2, s. 145-150
- Relaterad länk:
-
https://research.cha... (primary) (free)
-
visa fler...
-
https://research.cha...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region is the most commonly chosen genetic marker for the molecular identification of fungi in environmental sequencing and molecular ecology studies. Several analytical issues complicate such efforts, one of which is the formation of chimeric—artificially joined—DNA sequences during PCR amplification or sequence assembly. Several software tools are currently available for chimera detection, but rely to various degrees on the presence of a chimera-free reference dataset for optimal performance. However, no such dataset is available for use with the fungal ITS region. This study introduces a comprehensive, automatically updated reference dataset for fungal ITS sequences based on the UNITE database for the molecular identification of fungi. This dataset supports chimera detection throughout the fungal kingdom and for full-length ITS sequences as well as partial (ITS1 or ITS2 only) datasets. The performance of the dataset on a large set of artificial chimeras was above 99.5%, and we subsequently used the dataset to remove nearly 1,000 compromised fungal ITS sequences from public circulation. The dataset is available at http://unite.ut.ee/repository.php and is subject to web-based third-party curation.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Markvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Soil Science (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Veterinärmedicin -- Patobiologi (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Veterinary Science -- Pathobiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER -- Elektroteknik och elektronik -- Reglerteknik (hsv//swe)
- ENGINEERING AND TECHNOLOGY -- Electrical Engineering, Electronic Engineering, Information Engineering -- Control Engineering (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
Nyckelord
- fungi
- PCR artifacts
- chimera detection
- molecular ecology
- reference dataset
- fungi
- chimera detection
- reference dataset
- molecular ecology
- PCR artifacts
Publikations- och innehållstyp
- art (ämneskategori)
- ref (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Nilsson, R. Henr ...
-
Tedersoo, Leho
-
Ryberg, Martin, ...
-
Kristiansson, Er ...
-
Hartmann, Martin
-
Unterseher, Mart ...
-
visa fler...
-
Porter, Teresita ...
-
Bengtsson-Palme, ...
-
Walker, Donald M ...
-
Sousa, Filipe de ...
-
Gamper, Hannes A ...
-
Larsson, Ellen, ...
-
Larsson, Karl-He ...
-
Kõljalg, Urmas
-
Edgar, Robert C.
-
Abarenkov, Kessy
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Lantbruksvetensk ...
-
och Markvetenskap
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Veterinärmedicin
-
och Patobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Data och informa ...
-
och Bioinformatik
-
visa fler...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- TEKNIK OCH TEKNOLOGIER
-
TEKNIK OCH TEKNO ...
-
och Elektroteknik oc ...
-
och Reglerteknik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
Microbes and Env ...
- Av lärosätet
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet
-
Uppsala universitet